La 28 noiembrie 1980, Morris a adunat un grup de prieteni și a organizat un spectacol cu propriile coregrafii, pe care le-a numit Mark Morris Dance Group. În primii câțiva ani, compania a dat doar două spectacole anuale – la On the Boards din Seattle, Washington, și la Dance Theater Workshop din New York. În 1984 a fost invitat la The American Dance Festival ca parte a programului pentru tineri coregrafi și compozitori. În 1986, compania a fost prezentată în cadrul seriei televizate la nivel național Great Performances – Dance in America de pe PBS.
În 1988, Morris a fost abordat de Gerard Mortier, pe atunci director al Théâtre Royal de la Monnaie din Bruxelles. Mortier avea nevoie de un înlocuitor atunci când Maurice Béjart, care ocupase funcția de director al dansului timp de peste 20 de ani, a plecat brusc și și-a luat compania cu el. După ce a văzut Mark Morris Dance Group susținând un spectacol, Mortier i-a oferit postul lui Morris. Compania sa, din 1988 până în 1991, a devenit Monnaie Dance Group Mark Morris, compania rezidentă la la Monnaie, unde Morris a primit birouri și studiouri bine echipate; asigurare medicală completă pentru el, personalul său și dansatori; o orchestră și un cor la dispoziția sa; și una dintre marile scene ale Europei pe care să danseze.
În 1990, Morris și Mikhail Baryshnikov au înființat White Oak Dance Project. El a continuat să creeze lucrări pentru această companie până în 1995.
Morris este, de asemenea, un apreciat coregraf de balet, mai ales cu San Francisco Ballet, pentru care a creat opt lucrări. De asemenea, a primit comenzi din partea unor companii precum American Ballet Theatre, Boston Ballet și Paris Opera Ballet. A lucrat intensiv în domeniul operei, regizând și coregrafiind producții pentru Metropolitan Opera, New York City Opera, English National Opera și Royal Opera House, Covent Garden, printre altele. A regizat și coregrafiat Regele Arthur pentru English National Opera în iunie 2006, iar în mai 2007 a regizat și coregrafiat Orfeo ed Euridice pentru Metropolitan Opera.
Este deținătorul a 11 doctorate onorifice.
Opere notabile ale lui Morris includ Gloria (1981), pe muzică de Vivaldi; Championship Wrestling (1985), bazat pe un eseu de Roland Barthes; L’Allegro, il Penseroso ed il Moderato (1988); Dido and Æneas (1989); The Hard Nut (1991), versiunea sa din Spărgătorul de nuci plasată în anii 1970; Grand Duo (1993); The Office (1995); Greek to Me (2000); o versiune de dans a operei lui Virgil Thomson-Gertrude Stein Four Saints in Three Acts (2001); baletul A Garden (2001); V (2002) și All Fours (2004). În 2006, a avut premiera dansurilor sale Mozart Dances, comandate de New Crowned Hope Festival și Mostly Mozart Festival, cu ocazia celei de-a 250-a aniversări a nașterii lui Mozart; iar în 2008, a avut loc premiera controversatului său Romeo & Juliet, On Motifs of Shakespeare, pe scenariul și partitura originală a lui Prokofiev, recent descoperite. În 2011, a avut premiera celei de-a 150-a lucrări din cariera sa profesională, Festival Dance, care a fost aclamată de critici în timpul spectacolelor sold-out la centrul său de dans din Brooklyn.
Morris și Grupul său de dans au colaborat cu violoncelistul Yo-Yo Ma în Falling Down Stairs, un film de Barbara Willis Sweete disponibil în volumul 2 al seriei lui Ma, premiată cu Emmy, Inspired by Bach. Acolo, Morris a coregrafiat un dans bazat pe Suita a treia pentru violoncel neînsoțit de Bach, pe care Ma o interpretează. Filmul lui Sweete înfățișează atât interpretarea, cât și evoluția dansului. Morris a colaborat, de asemenea, cu artiști vizuali precum Isaac Mizrahi, Howard Hodgkin, Charles Burns și Stephen Hendee.
În 2001, compania sa s-a mutat în primul său sediu permanent din Statele Unite, Mark Morris Dance Center, în Brooklyn, la 3 Lafayette Avenue, în cartierul Fort Greene. Anul 2001 a marcat, de asemenea, înființarea Școlii de la Mark Morris Dance Center. Pe lângă Mark Morris Dance Group, centrul găzduiește spații de repetiții pentru comunitatea de dans, programe de sensibilizare pentru copiii din zonă și persoanele cu boala Parkinson și o școală care oferă cursuri de dans pentru studenți de toate vârstele.
Morris este subiectul unei biografii, Mark Morris (1993), realizată de criticul de dans Joan Acocella. În 2001, a publicat L’Allegro, il Penseroso ed il Moderato: A Celebration, un volum de fotografii și eseuri critice.
În 2013, Morris a fost primul coregraf și dansator care a ocupat funcția de director muzical al Festivalului de Muzică din Ojai.
Deși acum s-a retras în mare parte din activitate, Morris a fost mult timp remarcat pentru muzicalitatea și puterea dansului său, precum și pentru uimitoarea sa delicatețe a mișcărilor. Corpul său era mai greu decât al unui dansator tipic, mai mult ca cel al unei persoane obișnuite, dar abilitățile sale tehnice și expresive le-au depășit pe cele ale majorității contemporanilor săi.
În 2019, Morris a publicat Out Loud: A Memoir, scris împreună cu Wesley Stace.
.