Exprese Nef na počátku životního cyklu viru zajišťuje aktivaci T-buněk a vytvoření trvalého stavu infekce, což jsou dva základní atributy infekce HIV. Virová exprese Nef vyvolává v infikované buňce četné změny, včetně modulace exprese proteinů buněčného povrchu, přestavby cytoskeletu a přenosu signálu. Protože aktivační stav infikované buňky hraje důležitou roli v úspěšnosti infekce HIV-1, je důležité, aby klidové T-buňky byly připraveny reagovat na podněty z T-buněčného receptoru (TCR). HIV-1 Nef snižuje práh aktivace CD4+ lymfocytů, ale nestačí k aktivaci v nepřítomnosti exogenních podnětů.

Snížením povrchové exprese buněk CD4 a Lck vytváří Nef úzkou odpověď TCR, která pravděpodobně optimalizuje produkci viru HIV-1 a vytváří náchylnou populaci buněk k další infekci. Nef přesměrovává kinázově aktivní Lck z plazmatické membrány do časných a recyklačních endozomů (RE) a také do sítě Trans-Golgiho (TGN). Subpopulace Lck spojené s RE/TGN v buňkách exprimujících Nef jsou v katalyticky aktivní konformaci, a tedy schopné signalizace. Zatímco signalizace TCR probíhá na plazmatické membráně (PM), aktivace Ras-GTPázy probíhá v intracelulárních kompartmentech včetně Golgiho aparátu. Nef indukované obohacení aktivního Lck v těchto kompartmentech vede ke zvýšení lokalizované aktivity RAS a zvýšené aktivaci Erk kinázy a produkci interleukinu-2 (IL-2). Jelikož je známo, že IL-2 aktivuje růst, proliferaci a diferenciaci T-buněk, aby se z nich staly efektorové T-buňky; jedná se o samoúčelný účinek, který vytváří novou populaci buněk, jež je HIV-1 schopen infikovat. Sebeaktivace infikované buňky pomocí IL-2 také stimuluje buňku k tomu, aby se stala efektorovou buňkou a iniciovala mechanismus, na který se HIV-1 spoléhá při své vlastní proliferaci.

Aby se Nef dále vyhnul imunitní odpovědi hostitele, snižuje buněčný povrch a celkovou expresi negativního imunitního modulátoru CTLA-4 tím, že tento protein cíleně degraduje na lyzozomální úrovni. Na rozdíl od CD28, který aktivuje T-buňky, je CTLA-4 v podstatě „vypínačem“, který by v případě aktivace inhiboval produkci viru. Lentiviry, jako je HIV-1, získaly proteiny, jako je Nef, které plní širokou škálu funkcí, včetně identifikace CTLA-4 předtím, než se dostane do PM, a jeho označení k degradaci. Je také známo, že Nef fosforyluje a inaktivuje Bad, proapoptotického člena rodiny Bcl-2, čímž chrání infikované buňky před apoptózou.

Předpokládá se, že remodelace cytoskeletu snižuje signalizaci TCR během časné infekce a je také do určité míry modulována Nef. Remodelace aktinu je obecně modulována faktorem oddělujícím aktin kofilinem. Nef se dokáže spojit s buněčnou kinázou PAK2, která fosforyluje a inaktivuje kofilin a narušuje časnou signalizaci TCR.

.