Uttrycket av Nef tidigt i virusets livscykel säkerställer aktivering av T-celler och upprättandet av ett ihållande infektionstillstånd, två grundläggande egenskaper för hiv-infektion. Viralt uttryck av Nef inducerar många förändringar i den infekterade cellen, inklusive modulering av proteincellytans uttryck, cytoskelettomvandling och signaltransduktion. Eftersom den infekterade cellens aktiveringstillstånd spelar en viktig roll för hur framgångsrik hiv-1-infektionen är, är det viktigt att vilande T-celler förbereds för att reagera på T-cellreceptorstimuli (TCR). Hiv-1 Nef sänker tröskeln för aktivering av CD4+ lymfocyter, men är inte tillräcklig för att orsaka aktivering i avsaknad av exogena stimuli.

Genom att nedreglera cellytans uttryck av CD4 och Lck skapar Nef ett snävt TCR-svar som troligen optimerar produktionen av hiv-1-virus och genererar en mottaglig population av celler som kan infekteras ytterligare. Nef riktar om det kinasaktiva Lck bort från plasmamembranet till tidiga och återvinningsendosomer (RE) samt Trans-Golgi-nätverket (TGN). RE/TGN-associerade Lck-subpopulationer i Nef-uttryckande celler befinner sig i den katalytiskt aktiva konformationen och är därmed signalkompetenta. Medan TCR-signalering sker vid plasmamembranet (PM) sker aktivering av Ras-GTPaset i intracellulära kompartment, inklusive Golgiapparaten. Nef-inducerad anrikning av aktiv Lck i dessa kompartment resulterar i en ökning av lokaliserad RAS-aktivitet och ökad aktivering av Erk-kinas och produktion av interleukin-2 (IL-2). Eftersom IL-2 är känt för att aktivera tillväxt, proliferation och differentiering av T-celler så att de blir effektiva T-celler; detta är en självförsörjande effekt som skapar en ny population av celler som hiv-1 kan infektera. Självaktivering av den infekterade cellen genom IL-2 stimulerar också cellen att bli en effektorcell och initiera det maskineri som hiv-1 förlitar sig på för sin egen proliferation.

För att ytterligare kringgå värdens immunsvar nedreglerar Nef cellytan och det totala uttrycket av den negativa immunmodulatorn CTLA-4 genom att rikta proteinet för lysosomal nedbrytning. Till skillnad från CD28, som aktiverar T-celler, är CTLA-4 i huvudsak en ”avbrytare” som skulle hämma virusproduktionen om den aktiverades. Lentivirus som HIV-1 har förvärvat proteiner som Nef som utför ett stort antal funktioner, inklusive identifiering av CTLA-4 innan det når PM och märkning av det för nedbrytning. Nef är också känt för att fosforylera och inaktivera Bad, en proapoptotisk medlem av Bcl-2-familjen och på så sätt skydda de infekterade cellerna från apoptos.

Cytoskeletal remodellering tros minska TCR-signalering under tidig infektion och moduleras också i viss utsträckning av Nef. Aktinremodellering moduleras i allmänhet av aktinavskiljningsfaktorn cofilin. Nef kan associeras med det cellulära kinaset PAK2 som fosforylerar och inaktiverar cofilin och stör tidig TCR-signalering.