A Nef kifejeződése a vírus életciklusának korai szakaszában biztosítja a T-sejtek aktiválódását és a tartós fertőzési állapot kialakulását, a HIV-fertőzés két alapvető jellemzőjét. A Nef vírusos expressziója számos változást indukál a fertőzött sejten belül, beleértve a fehérje sejtfelszíni expressziójának modulációját, a citoszkeletális átalakulást és a jelátvitelt. Mivel a fertőzött sejt aktivációs állapota fontos szerepet játszik a HIV-1 fertőzés sikerességének arányában, fontos, hogy a nyugvó T-sejteket felkészítsék a T-sejt-receptor (TCR) ingerekre való reagálásra. A HIV-1 Nef csökkenti a CD4+ limfociták aktivációs küszöbét, de exogén ingerek hiányában nem elegendő az aktiváció kiváltásához.
A CD4 és az Lck sejtfelszíni expressziójának leszabályozásával a Nef szűk TCR-választ hoz létre, ami valószínűleg optimalizálja a HIV-1 vírusprodukciót, és a további fertőzésre fogékony sejtpopulációt hoz létre. A Nef a kináz-aktív Lck-t a plazmamembránból a korai és az újrahasznosító endoszómákba (RE), valamint a Trans-Golgi hálózatba (TGN) irányítja vissza. A RE/TGN-hez kapcsolódó Lck alpopulációk a Nef-et expresszáló sejtekben a katalitikusan aktív konformációban vannak, és így szignálkompetensek. Míg a TCR jelátvitel a plazmamembránon (PM) zajlik, a Ras-GTPáz aktiválása intracelluláris kompartmentekben, többek között a Golgi-apparátusban történik. A Nef által indukált aktív Lck feldúsulása ezekben a kompartmentekben a lokalizált RAS-aktivitás növekedését, az Erk-kináz fokozott aktiválódását és az Interleukin-2 (IL-2) termelését eredményezi. Mivel az IL-2 köztudottan aktiválja a T-sejtek növekedését, proliferációját és differenciálódását, hogy effektor T-sejtekké váljanak; ez egy öncélú hatás, amely új sejtpopulációt hoz létre, amelyet a HIV-1 képes megfertőzni. A fertőzött sejt IL-2 általi önaktiválása arra is serkenti a sejtet, hogy effektorsejtté váljon, és beindítsa azt a gépezetet, amelyre a HIV-1 támaszkodik saját szaporodásához.
A gazdaszervezet immunválaszának további kikerülése érdekében a Nef lefelé szabályozza a negatív immunmodulátor CTLA-4 sejtfelszíni és teljes expresszióját azáltal, hogy a fehérjét lizoszomális lebontásra célozza. A T-sejteket aktiváló CD28-cal ellentétben a CTLA-4 lényegében egy “kikapcsoló”, amely aktiválódása esetén gátolná a vírusprodukciót. Az olyan lentivírusok, mint a HIV-1, olyan fehérjéket szereztek, mint a Nef, amelyek számos funkciót látnak el, beleértve a CTLA-4 azonosítását, mielőtt az elérné a PM-et, és lebontás céljából megjelöli azt. A Nef arról is ismert, hogy foszforilálja és inaktiválja a Bad-ot, a Bcl-2 család proapoptotikus tagját, így védve a fertőzött sejteket az apoptózistól.
A citoszkeletális remodellingről úgy gondolják, hogy csökkenti a TCR jelátvitelt a korai fertőzés során, és bizonyos mértékben a Nef is modulálja. Az aktin remodellinget általában az aktinbontó faktor, a cofilin modulálja. A Nef képes társulni a PAK2 sejtkinázzal, amely foszforilálja és inaktiválja a cofilint, és zavarja a korai TCR-szignalizációt.