A expressão de Nef no início do ciclo de vida viral assegura a activação das células T e o estabelecimento de um estado de infecção persistente, dois atributos básicos da infecção pelo HIV. A expressão viral do Nef induz numerosas mudanças dentro da célula infectada, incluindo a modulação da expressão superficial da célula proteica, remodelação do citoesqueleto, e transdução de sinal. Como o estado de ativação da célula infectada tem um papel importante na taxa de sucesso da infecção pelo HIV-1, é importante que as células T em repouso sejam preparadas para responder aos estímulos dos receptores de células T (TCR). O Nef HIV-1 diminui o limiar de ativação dos linfócitos CD4+, mas não é suficiente para causar ativação na ausência de estímulos exógenos.

Ao diminuir a expressão da superfície celular de CD4 e Lck, o Nef cria uma resposta estreita de TCR que provavelmente otimiza a produção viral do HIV-1 e gera uma população de células suscetíveis de infectar ainda mais. O Nef retarda o Lck kinase-ativo da membrana plasmática para os endossomos precoce e de reciclagem (RE), bem como para a rede Trans-Golgi (TGN). As sub-populações de Lck associadas ao RE/TGN nas células que expressam Nef estão na conformação catalítica ativa e, portanto, sinalizando competente. Enquanto a sinalização TCR ocorre na membrana plasmática (PM), a ativação do Ras-GTPase ocorre em compartimentos intracelulares, incluindo o aparelho Golgi. O enriquecimento Nef induzido pelo Lck ativo nesses compartimentos resulta em um aumento da atividade RAS localizada e ativação aprimorada da Erk kinase e a produção da Interleucina-2 (IL-2). Como a IL-2 é conhecida por ativar o crescimento, proliferação e diferenciação das células T para se tornar células T effector; este é um efeito self-serving que cria uma nova população de células que o HIV-1 é capaz de infectar. A auto-ativação da célula infectada pela IL-2 também estimula a célula a se tornar uma célula efetora e inicia o mecanismo no qual o HIV-1 se baseia para sua própria proliferação.

Para evitar ainda mais a resposta imunológica do hospedeiro, o Nef down-regula a superfície celular e a expressão total do modulador imunológico negativo CTLA-4, visando a proteína para a degradação lisossômica. Em contraste com o CD28 que ativa as células T, o CTLA-4 é essencialmente um “off-switch” que inibiria a produção viral se ele fosse ativado. Lentivírus como o HIV-1 adquiriram proteínas como o Nef que desempenham uma ampla gama de funções, incluindo a identificação do CTLA-4 antes de chegar à PM e marcando-o para a degradação. O Nef é também conhecido por fosforilato e inativar Bad, um membro proapoptótico da família Bcl-2, protegendo assim as células infectadas da apoptose.

A remodelação citoesquelética é pensada para reduzir a sinalização de TCR durante a infecção precoce e também é modulada em algum grau pelo Nef. A remodelação da actina é geralmente modulada pela cofilina do fator de corte da actina. A Nef é capaz de associar com a cinase celular PAK2 que fosforilatos e inativação da co-filina e interfere na sinalização precoce da TCR.