De expressie van Nef vroeg in de virale levenscyclus zorgt voor T-celactivatie en de vestiging van een persistente infectiestatus, twee basiskenmerken van HIV-infectie. Virale expressie van Nef induceert talrijke veranderingen binnen de geïnfecteerde cel, waaronder de modulatie van eiwitexpressie op het celoppervlak, cytoskeletale hermodellering, en signaaltransductie. Aangezien de activeringstoestand van de geïnfecteerde cel een belangrijke rol speelt in de slaagkans van HIV-1 infectie, is het belangrijk dat rustende T-cellen klaargestoomd worden om te reageren op T-cel receptor (TCR) stimuli. HIV-1 Nef verlaagt de drempel voor activatie van CD4+ lymfocyten, maar is niet voldoende om activatie te veroorzaken in afwezigheid van exogene stimuli.

Door de celoppervlak-expressie van CD4 en Lck te verlagen, creëert Nef een smalle TCR-respons die waarschijnlijk de HIV-1 virale productie optimaliseert en een vatbare populatie van cellen genereert om verder te infecteren. Nef leidt kinase-actief Lck weg van het plasmamembraan naar vroege en recyclerende endosomen (RE) en het Trans-Golgi netwerk (TGN). RE/TGN-geassocieerde Lck-subpopulaties in Nef-expresserende cellen zijn in de katalytisch actieve conformatie en dus signaalcompetent. Terwijl TCR signalering plaatsvindt aan de plasmamembraan (PM), vindt activering van het Ras-GTPase plaats in intracellulaire compartimenten waaronder het Golgi-apparaat. Nef geïnduceerde verrijking van actief Lck in deze compartimenten resulteert in een toename van gelokaliseerde RAS activiteit en verhoogde activatie van Erk kinase en de productie van Interleukine-2 (IL-2). Aangezien bekend is dat IL-2 de groei, proliferatie en differentiatie van T-cellen tot effector-T-cellen activeert, is dit een zichzelf dienend effect dat een nieuwe populatie cellen creëert die door HIV-1 kan worden geïnfecteerd. Zelfactivering van de geïnfecteerde cel door IL-2 stimuleert de cel ook om een effectorcel te worden en de machinerie op gang te brengen waarop HIV-1 vertrouwt voor zijn eigen proliferatie.

Om de immuunrespons van de gastheer verder te omzeilen, down-reguleert Nef het celoppervlak en de totale expressie van de negatieve immuunmodulator CTLA-4 door het eiwit te richten voor lysosomale degradatie. In tegenstelling tot CD28, dat T-cellen activeert, is CTLA-4 in wezen een “uit-schakelaar” die de virale productie zou afremmen als hij geactiveerd zou worden. Lentivirussen zoals HIV-1 hebben eiwitten zoals Nef verworven die een groot aantal functies vervullen, waaronder het identificeren van CTLA-4 voordat het de PM bereikt en het taggen voor afbraak. Van Nef is ook bekend dat het Bad, een proapoptotisch lid van de Bcl-2 familie, fosforyleert en inactiveert en zo de geïnfecteerde cellen beschermt tegen apoptose.

Cytoskeletale remodellering wordt verondersteld de TCR signalering te verminderen tijdens een vroege infectie en wordt ook tot op zekere hoogte gemoduleerd door Nef. Actine remodeling wordt over het algemeen gemoduleerd door de actine scheidende factor cofiline. Nef is in staat te associëren met het cellulaire kinase PAK2 dat cofiline fosforyleert en inactiveert en interfereert met vroege TCR signalering.