L’Homotherium était un genre de chats à dents en cimeterre à grand corps, morphologiquement distinct de toute espèce de félidé existante, qui s’est éteint à la fin du Pléistocène . Ils possédaient de grandes canines dentelées en forme de sabre, des membres antérieurs puissants, un dos incliné et un bulbe optique élargi, autant de caractéristiques essentielles pour la prédation de la mégafaune du Pléistocène. Les précédentes phylogénies de l’ADN mitochondrial suggéraient qu’il s’agissait d’une lignée sœur très divergente de toutes les espèces de chats existantes. Cependant, les phylogénies mitochondriales peuvent être induites en erreur par l’hybridation, le tri incomplet des lignées (ILS) ou les modèles de dispersion basés sur le sexe, ce qui pourrait être particulièrement pertinent pour Homotherium puisque des divergences mito-nucléaires étendues ont été découvertes chez les chats modernes. Pour examiner l’histoire évolutive d’Homotherium, nous avons généré un génome nucléaire ∼7x et un exome ∼38x de H. latidens en utilisant des approches de séquençage shotgun et de capture de cibles. Les analyses phylogénétiques révèlent qu’Homotherium est très divergent (∼22,5 Ma) des espèces de félins vivants, sans aucun signe détectable de flux génétique. Les analyses génomiques comparatives ont révélé des signatures de sélection positive dans plusieurs gènes, y compris ceux impliqués dans la vision, la fonction cognitive et la consommation d’énergie, ce qui correspondrait à une activité diurne, un comportement social bien développé et une chasse curieuse. Enfin, nous découvrons des niveaux relativement élevés de diversité génétique, ce qui suggère que l’Homotherium a pu être plus abondant que ce que les archives fossiles limitées suggèrent. Nos résultats complètent et étendent les déductions précédentes provenant à la fois du registre fossile et des études moléculaires initiales, améliorant notre compréhension de l’évolution et de l’écologie de cette lignée remarquable.

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