Nef:n ilmentyminen viruksen elinkaaren alkuvaiheessa varmistaa T-solujen aktivoitumisen ja pysyvän infektiotilan syntymisen, jotka ovat kaksi HIV-infektion perusominaisuutta. Nef:n viruksen aiheuttama ilmentyminen saa aikaan lukuisia muutoksia infektoituneessa solussa, mukaan lukien proteiinien solupinnan ilmentymisen modulaatio, sytoskeletin uudelleenmuodostus ja signaalinsiirto. Koska infektoituneen solun aktivaatiotilalla on tärkeä merkitys HIV-1-infektion onnistumisasteessa, on tärkeää, että lepotilassa olevat T-solut ovat valmiita reagoimaan T-solureseptorin (TCR) ärsykkeisiin. HIV-1 Nef alentaa CD4+-lymfosyyttien aktivoitumiskynnystä, mutta se ei riitä aiheuttamaan aktivoitumista ilman eksogeenisia ärsykkeitä.

Säätelemällä alaspäin CD4:n ja Lck:n solupinnan ilmentymistä Nef luo kapean TCR-vasteen, joka todennäköisesti optimoi HIV-1-virustuotannon ja synnyttää herkän solupopulaation infektoitumista varten. Nef siirtää kinaasiaktiivisen Lck:n pois plasmakalvolta varhaisiin ja kierrätysendosomeihin (RE) sekä Trans-Golgi-verkostoon (TGN). RE/TGN-assosioituneet Lck-alipopulaatiot Nef:ää ilmentävissä soluissa ovat katalyyttisesti aktiivisessa konformaatiossa ja siten signalointikykyisiä. TCR-signalointi tapahtuu plasmakalvolla (PM), mutta Ras-GTPaasin aktivaatio tapahtuu solunsisäisissä osastoissa, kuten Golgin laitteistossa. Nef:n aiheuttama aktiivisen Lck:n rikastuminen näihin lokeroihin johtaa paikallisen RAS-aktiivisuuden lisääntymiseen ja Erk-kinaasin tehostuneeseen aktivoitumiseen sekä Interleukiini-2:n (IL-2) tuotantoon. Koska IL-2:n tiedetään aktivoivan T-solujen kasvua, proliferaatiota ja erilaistumista efektoiviksi T-soluiksi, tämä on itseään palveleva vaikutus, joka luo uuden solupopulaation, jonka HIV-1 pystyy infektoimaan. IL-2:n aiheuttama infektoituneen solun itseaktivointi stimuloi solua myös muuttumaan efektorisoluksi ja käynnistämään koneiston, johon HIV-1 luottaa omassa lisääntymisessään.

Jotta isännän immuunivastetta voitaisiin edelleen kiertää, Nef alentaa negatiivisen immuunimodulaattorin CTLA-4:n solupinnan ja kokonaisekspression tasoa kohdentamalla proteiinin lysosomaaliseen hajoamiseen. Toisin kuin CD28, joka aktivoi T-soluja, CTLA-4 on lähinnä ”off-kytkin”, joka aktivoituessaan estäisi virustuotannon. HIV-1:n kaltaiset lentiovirukset ovat hankkineet Nef:n kaltaisia proteiineja, jotka suorittavat monenlaisia tehtäviä, mukaan lukien CTLA-4:n tunnistaminen ennen kuin se pääsee PM:ään ja sen merkitseminen hajotettavaksi. Nef:n tiedetään myös fosforyloivan ja inaktivoivan Badin, Bcl-2-perheen proapoptoottisen jäsenen, mikä suojaa infektoituneita soluja apoptoosilta.

Sytoskeletaalisen uudelleenmuodostuksen uskotaan vähentävän TCR-signalointia varhaisen infektion aikana, ja myös Nef moduloi sitä jossain määrin. Aktiinin uudelleenmuodostusta moduloi yleensä aktiinin katkaisutekijä kofiliini. Nef pystyy assosioitumaan solukinaasi PAK2:n kanssa, joka fosforyloi ja inaktivoi cofiliinia ja häiritsee varhaista TCR-signalointia.