Ekspressionen af Nef tidligt i den virale livscyklus sikrer T-celleaktivering og etablering af en vedvarende infektionstilstand, to grundlæggende egenskaber ved HIV-infektion. Viral ekspression af Nef inducerer talrige ændringer i den inficerede celle, herunder modulering af proteincelleoverfladeekspression, cytoskeletalomformning og signaltransduktion. Da den inficerede celles aktiveringstilstand spiller en vigtig rolle for succesraten for HIV-1-infektion, er det vigtigt, at hvilende T-celler er forberedt til at reagere på T-cellereceptorstimuli (TCR). HIV-1 Nef sænker tærsklen for aktivering af CD4+-lymfocytter, men er ikke tilstrækkelig til at forårsage aktivering i fravær af eksogene stimuli.

Ved at nedregulere celleoverfladeekspressionen af CD4 og Lck skaber Nef et snævert TCR-svar, som sandsynligvis optimerer HIV-1-virusproduktionen og genererer en modtagelig population af celler til yderligere inficering. Nef omadresserer det kinaseaktive Lck væk fra plasmamembranen til tidlige og genbrugsendosomer (RE) samt Trans-Golgi-netværket (TGN). RE/TGN-associerede Lck-subpopulationer i Nef-udtrykkende celler er i den katalytisk aktive konformation og dermed signaleringskompetente. Mens TCR-signalering finder sted ved plasmamembranen (PM), finder aktivering af Ras-GTPase sted i intracellulære kompartmenter, herunder Golgi-apparatet. Nef-induceret berigelse af aktiv Lck i disse kompartmenter resulterer i en stigning i den lokaliserede RAS-aktivitet og øget aktivering af Erk-kinase og produktion af interleukin-2 (IL-2). Da IL-2 er kendt for at aktivere vækst, proliferation og differentiering af T-celler til at blive til effektor-T-celler, er dette en selvbetjenende effekt, der skaber en ny population af celler, som HIV-1 er i stand til at inficere. Selvaktivering af den inficerede celle ved hjælp af IL-2 stimulerer også cellen til at blive en effektorcelle og igangsætter det maskineri, som HIV-1 er afhængig af til sin egen proliferation.

For yderligere at unddrage sig værtens immunrespons nedregulerer Nef celleoverfladen og den samlede ekspression af den negative immunmodulator CTLA-4 ved at målrette proteinet til lysosomal nedbrydning. I modsætning til CD28, som aktiverer T-cellerne, er CTLA-4 i det væsentlige en “sluk-knap”, som ville hæmme virusproduktionen, hvis den blev aktiveret. Lentivirusser som HIV-1 har erhvervet proteiner som Nef, der udfører en lang række funktioner, herunder identifikation af CTLA-4, før det når frem til PM, og mærkning af det til nedbrydning. Nef er også kendt for at fosforylerer og inaktivere Bad, et proapoptotisk medlem af Bcl-2-familien, og beskytter dermed de inficerede celler mod apoptose.

Cytoskeletal remodellering menes at reducere TCR-signalering under tidlig infektion og moduleres også til en vis grad af Nef. Aktinremodellering moduleres generelt af aktinafskæringsfaktoren cofilin. Nef er i stand til at forbinde sig med den cellulære kinase PAK2, som fosforylerer og inaktiverer cofilin og forstyrrer tidlig TCR-signalering.