メタロプロテアーゼには2つのサブグループがある。

• Exopeptidases, metalloexopeptidases (EC number: 3.4.17).
• Endopeptidases, metalloendopeptidases (3.4.24) の二つのサブグループがある。 メタロエンドペプチダーゼとしては、ADAMタンパク質やマトリックスメタロプロテアーゼ、M16メタロプロテアーゼ（Insulin Degrading Enzyme、Presequence Protease

MEROPSデータベースでは、ペプチダーゼファミリーは触媒型によってグループ化されており、最初の文字が触媒型であることを表す。 A, aspartic; C, cysteine; G, glutamic acid; M, metallo; S, serine; T, threonine; and U, unknownである。 セリン、スレオニン、システインのペプチダーゼはアミノ酸を求核剤としてアシル中間体を形成し、これらのペプチダーゼは容易に転移酵素として働くことができる。 アスパラギン酸、グルタミン酸およびメタロペプチダーゼの場合、求核剤は活性化された水分子である。 メタロプロテアーゼは、4つのプロテアーゼの中で最も多様性に富み、現在までに50以上のファミリーが分類されている。 これらの酵素では、2価の陽イオン、通常は亜鉛が水分子を活性化する。 金属イオンは、通常3個のアミノ酸リガンドによって固定されている。 金属リガンドとしては、ヒスチジン、グルタミン酸、アスパラギン酸、リジンが知られており、触媒作用には、他に少なくとも1つの残基が必要で、電気泳動的な役割を果たすと考えられている。 既知のメタロプロテアーゼのうち、約半数はHEXXHモチーフを持ち、これが金属結合部位の一部を形成していることが結晶学的研究により示されている。 HEXXHモチーフは比較的一般的であるが、メタロプロテアーゼではより厳密に「abXHEbbHbc」と定義できる。ここで「a」は多くの場合バリンまたはスレオニンで、サーモリシンやネプリライシンのS1サブサイトの一部を形成し、「b」は非電荷残基、そして「c」は疎水性残基である。 プロリンはメタロプロテアーゼのこのモチーフが採用するらせん構造を壊すためか、この部位には存在しない。

M48ファミリーのメタロペプチダーゼは小胞体とゴルジ体に結合する膜タンパク質で、サブユニットあたり1個の亜鉛イオンが結合する。 これらのエンドペプチダーゼには、ファルネシル化タンパク質のC末端3残基をタンパク質分解的に除去するCAAXプレニルプロテアーゼ1が含まれます。

メタロプロテアーゼ阻害剤は、魚、頭足類、軟体動物、藻類、細菌など多くの海洋生物で発見されたものです。

M50メタロペプチダーゼファミリーのメンバーには、哺乳類ステロール調節要素結合タンパク質（SREBP）部位2プロテアーゼおよび大腸菌プロテアーゼEcfE、第四期胞子形成タンパク質FB.

が含まれている。