Na začátku roku 1960 byla Ruby jedním ze šesti černošských dětí v New Orleans, které prošly testem, zda mohou navštěvovat bělošskou základní školu Williama Frantze. Dvě ze šesti dětí se rozhodly zůstat ve své staré škole, Ruby chodila do školy sama a tři děti byly přeřazeny do školy McDonogh č. 19 a staly se známými jako McDonoghská trojka. Ruby a její matku doprovázeli do školy po celý první rok až čtyři federální maršálové.
Rubyin otec se zpočátku zdráhal, zatímco její matka cítila potřebu nejen poskytnout dceři lepší vzdělání, ale „udělat tento krok vpřed… pro všechny afroamerické děti“. Žena nakonec přesvědčila manžela, aby ji do školy pustil.
Rozhodnutí soudce J. Skellyho Wrighta o prvním dni integrovaných škol v New Orleans 14. listopadu 1960 připomněl Norman Rockwell na obraze Problém, se kterým všichni žijeme (publikováno v časopise Look 14. ledna 1964). Sama Ruby popisuje: „Když jsem šla nahoru, viděla jsem dav, ale protože jsem žila v New Orleans, myslela jsem si, že je to Mardi Gras. Před školou byl velký dav lidí. Házeli věcmi a křičeli, a to se v New Orleans o masopustu stává.“ Bývalý zástupce amerického maršála Charles Burks vzpomíná: „Prokázal velkou odvahu. Nikdy neplakal ani nefňukal. Jakmile byla Ruby přijata do školy, bílí rodiče své děti odhlásili a všichni učitelé odmítli pracovat, dokud bylo ve škole zapsáno černé dítě. Pouze jedna osoba souhlasila, že bude Ruby učit: Barbara Henryová z Bostonu ve státě Massachusetts. Více než rok učila Barbara Henryová třídu složenou pouze z Ruby Bridgesové, „jako by učila celou třídu“.
První den strávila Ruby se svým dospělým doprovodem celý den v ředitelně a kvůli chaosu způsobenému protesty nemohla jít do třídy až druhý den. Druhý den však bílý student bojkot porušil a vstoupil do školy. Byl to čtyřiatřicetiletý metodistický pastor Lloyd Anderson Foreman, který procházel se svou pětiletou dcerou Pam rozlíceným davem a říkal: „Chci jen, aby mi bylo dopřáno odvést dceru do školy. O několik dní později začali přivádět své děti další bílí rodiče a protesty začaly ustávat. Každé ráno, když šla Ruby do školy, jí nějaká žena vyhrožovala, že ji otráví. Z tohoto důvodu američtí maršálové vyslaní prezidentem Eisenhowerem, který dohlížel na bezpečnost mostů, dovolili Ruby jíst pouze jídlo, které si přinesla z domova.
Dětský psychiatr Robert Coles se nabídl, že bude Ruby radit během prvního roku jejího pobytu ve Frantzu. Každý týden se scházeli u Ruby doma a později napsali dětskou knihu Příběh Ruby Bridgesové, aby zvýšili povědomí o Rubyině příběhu.
Rubyina rodina rozhodnutím poslat ji na základní školu Williama Frantze utrpěla: její otec přišel o práci, v obchodě s potravinami, kde rodina vždy nakupovala, už nemohli nakupovat a její prarodiče, kteří byli pachtýři v Mississippi, přišli o půdu. Ruby si všimla, že mnozí další lidé z komunity, černí i bílí, jí různými způsoby projevovali podporu: některé bílé rodiny navzdory protestům nadále posílaly své děti k Frantzovi, sousedka poskytla jejímu otci novou práci a místní chůvy považovaly ji i členy rodiny za ochránce, a to až do té míry, že při školních výletech chodily za autem federálních maršálů.