O centru HMS LINCS

Centrum LINCS Harvard Medical School (HMS) je financováno grantem NIH U54 HL127365 a je součástí programu NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS). Obecným cílem tohoto programu je shromažďovat a šířit data a analytické nástroje potřebné k pochopení toho, jak lidské buňky reagují na narušení léky, prostředím a mutacemi. Další informace o programu LINCS a ostatních zúčastněných centrech jsou k dispozici na internetových stránkách programu.

Centrum HMS LINCS si klade za cíl odhalit základní principy buněčné odpovědi na perturbaci, včetně vztahu mezi dávkou a odpovědí, původu a významu variability mezi buňkami a molekulárního základu citlivosti a rezistence na léčiva. Data generovaná v HMS zahrnují multiplexní biochemické, proteomické a zobrazovací testy, pro které nejsou dostatečně vyvinuty standardy šíření; jejich zlepšení a uvolnění všech dat, algoritmů a závěrů z našich notebooků a dokumentů je klíčovým cílem centra. Centrum také vyvíjí nové algoritmy pro rozsáhlou analýzu složitých datových souborů s perturbagenní odezvou, které jsou k dispozici prostřednictvím vlastních souhrnných stránek projektu. Obvykle publikujeme alespoň jednu biologickou analýzu každé datové sady, ale tyto dokumenty popisují pouze jedno z mnoha využití dat. Doporučujeme uživatelům, aby zkoumali primární data na základě vlastních nápadů a algoritmů.

Analýzy

Zaměřujeme se na biochemické a buněčné analýzy (i) inhibitorů malých molekul kináz, což je přední třída terapeutických látek pro léčbu rakoviny, autoimunitních onemocnění a dalších chorob; (ii) modifikátorů epigenomu, jako jsou inhibitory bromodomén a HDAC; a (iii) přirozeně se vyskytujících ligandů, jako jsou růstové faktory a zánětlivé cytokiny. Celkově profilujeme reakce ~100 buněčných linií a primárních typů buněk na ~400 perturbogenů v různých dávkách a časech.

Přístup k datům, algoritmům a nástrojům

HMS LINCS poskytuje včasný veřejný přístup ke všem relevantním datům a softwaru v souladu s politikou uvolňování dat programu NIH LINCS. Podporováno je jak jednoduché stahování, tak programový přístup.

Zkoumání dat a případy použití: Souhrnné a průzkumné stránky publikací HMS LINCS poskytují popisy klíčových zjištění, odkazy na příslušné datové soubory v databázi HMS LINCS a vlastní nástroje pro vizualizaci dat. Tyto a další nástroje jsou k dispozici na stránce softwaru.

Přístup k datům: Všechny veřejně zveřejněné datové sady HMS LINCS a metadata činidel jsou přístupné prostřednictvím databáze HMS LINCS, kde vyhledávací funkce umožňují vyhledávat konkrétní datové sady a činidla (např. podle typu buněk nebo perturbagenu). Tyto vyhledávací a stahovací funkce jsou aktivně vylepšovány a vyzýváme uživatele, aby posílali zpětnou vazbu na adresu lincs-feedback hms.harvard.edu.

.