IPEX syndrom se nejčastěji objevuje během prvních dnů nebo týdnů života a postihuje výhradně chlapce. Klasicky se projevuje postupným výskytem triády enteropatie, autoimunitního onemocnění (zejména diabetes mellitus I. typu) a kožního postižení, ale klinické příznaky a závažnost onemocnění se mohou u jednotlivých jedinců značně lišit. Těžká autoimunitní enteropatie se projevuje neřešitelným sekrečním průjmem, který vede k malabsorpci, poruše elektrolytů a neprospívání. Může se také vyskytnout zvracení, ileus, gastritida nebo kolitida. U pacientů se také vyskytují autoimunitní endokrinopatie, obvykle diabetes mellitus závislý na inzulínu (DM 1. typu), často v kojeneckém nebo raném dětském věku, ale také tyreoiditida vedoucí k hypotyreóze nebo hypertyreóze. Kožní postižení spočívá v generalizované pruriginózní erupci připomínající ekzém, psoriázu a/nebo atopickou či exfoliativní dermatitidu. Méně často lze pozorovat alopecii nebo onychodystrofii. U pacientů se může vyvinout autoimunitní cytopenie, trombocytopenie, hemolytická anémie a neutropenie. Autoimunitní postižení může také vést k pneumonitidě, hepatitidě, nefritidě, myozitidě, splenomegalii a/nebo lymfadenopatii. Mohou se vyskytnout lokální nebo systémové infekce (např. pneumonie, infekce vyvolané zlatým stafylokokem, kandidóza), ale zdá se, že jsou způsobeny spíše ztrátou kožních a střevních bariér, imunosupresivní terapií a špatnou výživou než primárním imunodeficitem. Jsou popsány neurologické nálezy včetně periferní neuropatie, myopatie a hypotonie,

.