MODELLER se používá pro homologické nebo srovnávací modelování trojrozměrných struktur proteinů (1,2). Uživatel zadá zarovnání modelované sekvence se známými příbuznými strukturami a MODELLERautomaticky vypočítá model obsahující všechny nevodíkové atomy.MODELLER realizuje srovnávací modelování proteinových struktur splněním prostorových omezení (3,4) a může provádět mnoho dalších úloh,včetně de novo modelování smyček v proteinových strukturách, optimalizace různých modelů proteinové struktury s ohledem na flexibilně definovanoucílovou funkci, vícenásobného zarovnání proteinových sekvencí a/nebo struktur, shlukování, prohledávání sekvenčních databází, porovnávání proteinových struktur atd. MODELLER je k dispozici ke stažení pro většinu systémů Unix/Linux, Windows a Mac.

Komerčně je k dispozici několik grafických rozhraní k MODELLERu. Existuje takémnoho dalších zdrojů a lidí, kteří používají MODELLERv grafických nebo webových rozhraních nebo jiných rámcích.

1. B. Webb, A. Sali. Srovnávací modelování struktury proteinůpoužitím Modelleru. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc. 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Srovnávací modelování struktury proteinů genů a genomů. annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modelování smyček v proteinových strukturách, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

Aktuální verze Modelleru je 10.1, která byla vydána18. března 2021. Modeller v současné době spravujeBen Webb.