Staré město Noto Antica leží 8 km přímo na sever na hoře Alveria. Město sicelského původu bylo ve starověku známé jako Netum. V roce 263 př. n. l. město Římané darovali Hierovi II. Podle legendy ve městě pobýval Daidalos po svém letu nad Jónským mořem, stejně jako Herkules po svém sedmém úkolu. V římské éře se postavilo proti magistru Verresovi.
V roce 866 jej dobyli muslimové, kteří město povýšili na hlavní město jednoho ze tří okresů ostrova (Val di Noto). V roce 1091 se stalo poslední islámskou pevností na Sicílii, která padla do rukou křesťanů. Později se stalo bohatým normanským městem.
V 16. a 17. století ve městě žilo několik významných intelektuálních osobností, například Giovanni Aurispa, právníci Andrea Barbazio a Antonio Corsetto, ale také architekt Matteo Carnelivari a skladatel Mario Capuana. V roce 1503 mu král Ferdinand III. udělil titul civitas ingeniosa („důmyslné město“). V následujících staletích se město rozšiřovalo, rostlo za své středověké hranice a vznikaly nové budovy, kostely a kláštery.
Středověké město Noto bylo prakticky srovnáno se zemí při sicilském zemětřesení v roce 1693. Uvádí se, že na následky zemětřesení zemřela více než polovina obyvatel. Bylo rozhodnuto město znovu vybudovat na současném místě, na levém břehu řeky Asinaro, blíže k jónskému pobřeží. Tyto okolnosti vedly k tomu, že se toto město vyznačuje jedinečnou architektonickou homogenitou, protože celé jádro města bylo postaveno v následujících desetiletích po kalamitě v typickém a velmi zachovalém příkladu sicilského baroka. Půdorys se řídil rastrovým systémem od Giovanniho Battisty Landolina a využíval svažitý svah ke scénografickým efektům. Architekti Rosario Gagliardi, Francesco Sortino a další se podíleli každý na návrhu několika staveb. Město bylo Cesarem Brandim nazváno „Kamennou zahradou“ a v současnosti je zapsáno na seznamu světového dědictví UNESCO. Mnoho novějších staveb je postaveno z měkkého tufového kamene, který na slunečním světle nabývá medového odstínu. Části katedrály se však v roce 1996 nečekaně zřítily.
Město, které v roce 1817 ztratilo status hlavního města provincie, se 16. května 1860 vzbouřilo proti rodu Bourbonů a nechalo své brány otevřené Giuseppe Garibaldimu a jeho výpravě. O pět měsíců později, 21. října, zpečetil plebiscit připojení Nota k Piemontu.
V roce 1844 bylo Noto jmenováno diecézí, ale v roce 1866 utrpělo zrušením náboženských cechů, které byly hluboce spjaty s městskými stavbami a budovami.
V roce 1844 bylo Noto jmenováno diecézí.