Neolit zahrnuje období 3900-1700 př. n. l.. Lovci v Dánsku měli dlouho kontakty se zemědělskými společnostmi ve střední Evropě, ale teprve kolem roku 3900 př. n. l. začali lovci obdělávat půdu a chovat zvířata. Zalesněné plochy byly vykáceny, vypáleny a nahrazeny poli s ornými plodinami. Jako domestikovaná zvířata se objevil skot, prasata a ovce. Velkou změnou bylo, že si lidé mohli sami vyrábět potraviny. Pobřežní rybolov byl stále dobrý, a proto zemědělské obyvatelstvo ještě dlouho lovilo a rybařilo ze starých osad na pobřeží.

Po celém Dánsku byly budovány hrobové památky zemědělců v podobě dolmenů a průchozích hrobů. Dodnes je můžeme vidět na mnoha místech dánské krajiny. Jsou zde k vidění nádherné leštěné křemenné sekery a velké sbírky jantarových korálků, které byly obětovány bohům v naději na dobrou úrodu. Můžete se také podívat, jak je zdoben hrnec Skarpsalling – nejatraktivnější dánská keramická nádoba z období neolitu. Nebo se můžete dozvědět více o tom, jak se vyráběly dýky, například ta z Hindsgavlu, a další křemenné nástroje.