1999-2004: EpitaphEdit

Debutové album Onset of Putrefaction skupiny Necrophagist se již léta nevydává. Bicí na albu obstarával bicí automat. Nakonec vzniklo nové vydání s bicími samply, které nahrál Hannes Grossmann. Všechny staré kytarové, baskytarové a vokální stopy byly smíchány spolu se zbrusu novými bicími samply. Reedice obsahuje také dvě skladby z demokazety Necrophagist z roku 1995, která nese vlastní název. Na celém albu se také podílel dlouholetý inženýr a producent Necrophagist Christoph Brandes ve studiu The Iguana Studios. Mastering provedl Bob Katz v „Digital Domain“ v Orlandu na Floridě. Reedice vyšla v roce 2004 u Willowtip ve Spojených státech/Kanadě a u Relapse ve zbytku světa. V srpnu 2001 vystoupili Necrophagist na open air festivalu Brutal Assault v České republice. Kapela se k vystoupení vrátila také v letech 2003, 2005 a 2010.

2004-2012:

Dne 10. února 2006 bylo oznámeno, že Christian Münzner opustil kapelu kvůli konfliktům v rozvrhu. Později se připojil k deathmetalové kapele Obscura. Byla nalezena náhrada, kytarista Sami Raatikainen, který pochází z finských Helsinek. Sami hraje také ve skupině Codeon.

V roce 2006 kapela podnikla americké turné s názvem „Carving North America’s Epitaph“. Na tomto turné se k Necrophagist připojili Arsis, Alarum, Neuraxis, Ion Dissonance, Cattle Decapitation a Thine Eyes Bleed. Spolu s Dying Fetus na podzim předskakovali Cannibal Corpse na jejich americkém turné, které zahrnovalo i některá kanadská místa.

V roce 2007 kapela na svém Myspace profilu oznámila, že po kalifornském Metalfestu 2007 kapelu opustí bubeník Hannes Grossmann. Hannes uvedl, že není schopen se zavázat k plnému koncertnímu nasazení kapely. Oficiální stálou náhradou za Hannese se stal Marco Minnemann (který hrál s Paulem Gilbertem, Terrym Bozziem a Chadem Wackermanem).

Necrophagist byli v roce 2007 headlinerem The Summer Slaughter Tour, na kterém vystoupila celá řada dalších extrémních metalových kapel včetně Decapitated, Arsis, The Faceless, Cephalic Carnage, As Blood Runs Black a Cattle Decapitation.

V dubnu 2008 Necrophagist oznámili, že se ke kapele připojí Romain Goulon jako nový bubeník, který nahradí Minnemanna, jenž bude nadále pracovat se Suiçmezem na vedlejším projektu.

Necrophagist hráli v roce 2008 na „Pillage the Village Tour“ od 26. srpna 2008 do 10. září 2008 společně s deathmetalovými kapelami Dying Fetus a Beneath the Massacre. Na koncertech v některých oblastech vystoupily také skupiny Carcass, Suffocation, 1349 a Aborted.

V roce 2008 začala skupina Necrophagist pracovat na svém dalším albu s novým bubeníkem Romainem Goulonem. Podle zvěstí byly dva možné názvy „The Path to Naught“ a „Death to the Faithful“. Suiçmez uvedl, že kapela bude na albu používat sedmistrunné kytary. Sám Muhammed bude nahrávat na novou custom shop kytaru Ibanez Xiphos se sedmi strunami a také s 27 pražci. Sami Raatikainen je nyní sponzorem kytar Ibanez a na pódiu používá sedmistrunnou kytaru řady RG.

2012-: V roce 2012 není známo, zda jsou Necrophagist stále aktivní nebo zda mají v plánu vydat pokračování alba Epitaph. To vedlo k velkému množství spekulací ze strany fanoušků, zmatených dlouhým čekáním na album. V prohlášení ze srpna 2012 však bývalý bubeník Marco Minnemann uvedl, že na novém albu se skutečně pracuje: „Vím, že lidé na nové album Necro tak moc čekají. Muhammed je můj velmi blízký přítel a vím, že mu opravdu záleží na tom, aby přinesl co nejlepší album. Ale osobně vím, že je tam pokrok….hang on, jsem si jistý, že dodá zboží.“

11. září 2013 vydal bubeník Romain Goulon prohlášení, že Necrophagist jsou stále aktivní a snaží se nahrát nové album, nicméně nebylo uvedeno, kdy bude vydáno. Poté 4. dubna 2016 Goulon odpověděl na komentář na Facebooku a uvedl: „Hledáme rakev na truchlení nad mrtvými“, čímž naznačil, že Necrophagist nebudou jako kapela pokračovat.