Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, dříve Not Another Molecular Dynamics Program) je počítačový software pro simulace molekulární dynamiky napsaný pomocí paralelního programovacího modelu Charm++. Vyniká svou paralelní efektivitou a často se používá k simulaci velkých systémů (miliony atomů). Byl vyvinut ve spolupráci Skupiny teoretické a výpočetní biofyziky (TCB) a Laboratoře paralelního programování (PPL) na Illinoiské univerzitě v Urbana-Champaign.

Nanoscale Molecular Dynamics

Vývojář(i)

Illinoiská univerzita v Urbana-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)

Počáteční vydání

1995; před 26 lety

Stabilní vydání

Úložiště

Napsáno v jazyce

C++

Operační systém

Křížová platforma:

Platformy

x86: Windows, Linux, MacOS, Unix

Platformy

x86, x86-64

K dispozici v

angličtině

Typ

Simulace molekulární dynamiky

Licence

Proprietární, freeware pro nekomerční použití

Webové stránky

www.ks.uiuc.edu/Research/namd

V roce 1995 jej představili Nelson a spol. jako paralelní kód pro molekulární dynamiku umožňující interaktivní simulaci propojením s vizualizačním kódem VMD. Od té doby NAMD dozrál, přidal mnoho funkcí a škáluje se nad 500 000 procesorových jader.

NAMD má rozhraní ke kvantově chemickým balíkům ORCA a MOPAC a také skriptované rozhraní k mnoha dalším kvantovým balíkům. Spolu s Visual Molecular Dynamics (VMD) a QwikMD poskytuje rozhraní NAMD přístup k hybridním QM/MM simulacím v integrovaném, komplexním, přizpůsobitelném a snadno použitelném balíku.

NAMD je k dispozici jako freeware pro nekomerční použití jednotlivci, akademickými institucemi a korporacemi pro vnitropodnikové účely.