V roce 1931 zřídil Úřad veřejného zdraví Spojených států amerických při Národním ústavu zdraví oddělení zubní hygieny. Dr. H. Trendley Dean, určený jako první pracovník zubního výzkumu, studoval komunity postižené onemocněním ústní dutiny známým jako skvrnitá sklovina. Po provedení zkušební fluorizace vody v Grand Rapids ve státě Michigan byl 24. června 1948 prezidentem Harrym S. Trumanem zřízen Národní ústav zubního výzkumu (NIDR). První granty a stipendia, které podporovaly zubní výzkum, byly uděleny v následujícím roce.

Ve snaze rozšířit NIDR schválil prezident Dwight D. Eisenhower v roce 1958 plány na financování výstavby budovy ústavu. Národní ústav pro výzkum zubů také zřídil Laboratoř biochemie, která se zabývala dalším výzkumem týkajícím se struktury a funkcí různých bílkovin. V rámci pokračování této expanze byl v roce 1967 schválen grant na vybudování několika stomatologických výzkumných zařízení na různých univerzitách. Tento program doufal ve vytvoření výzkumného a školicího prostředí a také v podporu interdisciplinárních přístupů k boji proti ústním chorobám.

Kromě Laboratoře biochemie byly v letech 1974 a 1975 založeny další laboratoře. Tyto nově zřízené laboratoře se zaměřovaly na oblast orální medicíny a také na obory mikrobiologie a imunologie. Další snaha o rozšíření výzkumu byla realizována o deset let později. Cílem programu Dentist Scientist Award bylo poskytnout zubním lékařům příležitosti a podněty k nezávislému výzkumu týkajícímu se orálního zdraví.

V roce 1986 dokončil NIDR nejrozsáhlejší průzkum zubního zdraví dospělých Američanů. Tato studie byla první, která zkoumala onemocnění ústního zdraví ve velkém a podrobném měřítku. V návaznosti na tento průzkum bylo v roce 1993 založeno Národní informační středisko ústního zdraví (National Oral Health Information Clearinghouse). Účelem této databáze je poskytovat zdravotnickým pracovníkům, pacientům a široké veřejnosti zdroje týkající se ústního zdraví. V návaznosti na své poslání šířit důležité zdravotní informace spustil NIDR v roce 1996 své oficiální internetové stránky.

Po 50. výročí svého založení změnil NIDR svůj název na Národní institut pro výzkum zubů a kraniofaciální oblasti (National Institute of Dental and Craniofacial Research, NIDCR).

V roce 2001 vydal NIDCR svůj přepracovaný plán na odstranění rozdílů v orálním zdraví v celých Spojených státech. V návaznosti na tento plán institut zřídil pět nových center pro výzkum zaměřený na snižování rozdílů v ústním zdraví.

O deset let později byla osmou ředitelkou NIDCR jmenována Martha J. Somermanová. Prostřednictvím péče o základní výzkum a rozvoj výzkumných pracovníků si NIDCR klade za cíl podporovat zdraví, předcházet nemocem a stavům a vyvíjet nové diagnostické a terapeutické prostředky.