Společnost Mr. Sub založili v roce 1968 v kanadském Torontu dva přátelé, účetní Jack Levinson a učitel tělocviku Earl Linzon, s počátečním kapitálem 1500 dolarů. Cílem zakladatelů bylo prodávat kvalitní jídlo, podávat ho rychle, dělat ho čerstvé a především dát zákazníkům hodnotu za jejich peníze.

První restaurace Mr Sub, tehdy nazvaná Mr Submarine, byla otevřena na adrese 130 Yorkville Avenue, v přízemí přestavěného viktoriánského řadového domu. Po kladném ohlasu otevřeli oba zakladatelé o pět měsíců později druhou restauraci.

V roce 1972 prodala společnost Mr. Submarine svou první franšízu a v roce 1990 se oficiálně stala společností Mr. Sub.

Po polovině 90. let minulého století došlo k úpadku společnosti Mr. Sub v důsledku zavedení franšízy Subway v Kanadě. V roce 2005 se objevily spekulace, že Michael Bregman, bývalý majitel kavárenského řetězce Second Cup, uvažuje o koupi tohoto řetězce. Mezi dalšími jmény, která se objevila jako možní zájemci, byly například mateřská společnost Swiss Chalet Cara Operations a provozovatel KFC Priszm Canadian Income Fund. V roce 2005 se o společnost MR.SUB krátce zajímal řetězec s koblihami Country Style.

Dne 18. srpna 2011 společnost MTY Food Group, která do té doby vlastnila Country Style, oznámila, že koncem října 2011 získá společnost Mr. Sub za 23 milionů dolarů.

Původně byla společnost Mr. Sub jediným velkým franšízovým prodejcem submarine sendvičů v Kanadě, a to až do příchodu amerických řetězců, jako je Subway. Nyní čelí silné konkurenci několika značek rychlého občerstvení, které přežívají na trhu v malých městech/venkově, a běžných míst s jídlem s sebou, která tento sendvič vždy podávala.