Říční komise Mississippi byla založena v roce 1879, aby usnadnila zlepšení stavu řeky Mississippi od průsmyků poblíž jejího ústí až k pramenům. Deklarovaným posláním komise bylo vypracovat a realizovat plány na opravu, trvalé umístění a prohloubení koryta řeky Mississippi, zvýšení bezpečnosti a usnadnění plavby, zabránění ničivým povodním. a podpora a usnadnění obchodu, živností a poštovních služeb.
Po téměř půl století fungovala MRC jako výkonný orgán podřízený přímo ministru války USA. Velká povodeň na Mississippi v roce 1927 změnila poslání MRC. Následný zákon o kontrole povodní z roku 1928 vytvořil projekt Mississippi River and Tributaries Project (MR&T). Zákon svěřil odpovědnost za rozvoj a realizaci projektu Mississippi River and Tributaries Project (MR&T) Mississippské říční komisi. Projekt MR&T zajišťuje kontrolu povodní na řece Mississippi od Head of Passes po okolí Cape Girardeau ve státě Missouri, kontrolu povodní na přítocích a výtocích řeky Mississippi, které jsou ovlivněny jejími zpětnými vodami, a zlepšení plavby na řece Mississippi od Baton Rouge ve státě Louisiana po Cairo ve státě Illinois. To zahrnuje zlepšení některých přístavů a zlepšení plavby po řekách Old a Atchafalaya od řeky Mississippi po Morgan City v Louisianě.
To zahrnuje také stabilizaci břehů řeky Mississippi od Head of Passes po Cairo ve státě Illinois, zachování, obnovu a posílení environmentálních zdrojů, mimo jiné včetně opatření pro ryby a volně žijící živočichy, zvýšení zásob vody, rekreaci, kulturní zdroje a další související programy rozvoje vodních zdrojů, a pololetní inspekční cesty za účelem pozorování stavu řeky a usnadnění koordinace s místními zájmy při provádění projektů. Již více než sto let se inspekce a slyšení konají na palubě lodi M/V Mississippi a jejích předchůdců.
Komise má sedm členů. Současným předsedou Komise pro řeku Mississippi je generálmajor inženýrského sboru americké armády Kaiser. Úkol je plněn prostřednictvím okrsků divize ženijních sborů Spojených států v údolí Mississippi v St Paulu, Rock Islandu, St Louis, Memphisu, Vicksburgu a New Orleansu.
Sídlo operace je v historickém centru Vicksburgu v budově Mississippi River Commission.