Mariinský balet byl založen ve 40. letech 17. století po vzniku první ruské taneční školy v roce 1738.

Církevní divadelní škola, jak se původně jmenovala, byla založena 4. května 1738 v Zimním paláci v Petrohradě. Stala se předchůdkyní dnešní Vaganovské baletní akademie. Zakládajícím ředitelem školy byl francouzský baletní mistr a pedagog Jean-Baptiste Landé a účelem vzniku školy bylo vychovat mladé tanečníky pro vytvoření prvního ruského baletního souboru. První skupinu studentů tvořilo dvanáct chlapců a dvanáct dívek, z nichž později vznikl předchůdce dnešního Mariinského baletu.

O formování baletního souboru existuje jen velmi málo informací, je však známo, že škola i baletní soubor byly spojeny názvem a staly se Císařskou baletní školou a Císařským ruským baletem, které se používaly až do zrušení císařské vlády. Na přelomu 18. a 19. století se Císařský ruský balet brzy prosadil a zaměstnával některá z nejvlivnějších a nejslavnějších jmen baletní historie, jako byli Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito a Carlotta Grisi.

Jako Císařský ruský balet se soubor nejvíce proslavil premiérou mnoha baletů slavného choreografa Mariuse Petipy. Ten vytvořil mnoho svých nejslavnějších děl v době, kdy působil jako baletní mistr a ředitel souboru v polovině a na konci 19. století. Řada jeho baletů dnes tvoří základ tradičního klasického baletního repertoáru, který uvádějí baletní soubory po celém světě a který často zachovává velkou část Petipovy choreografie. Mezi tyto balety patří původní inscenace Louskáčka, Spící krasavice, Dona Quijota, Bajadéry a Raymondy a populární obnovené verze starších baletů, včetně Coppélie, Giselle a Korzára. Petipovo obnovení baletu Labutí jezero je patrně jeho nejslavnějším dílem pro soubor. Labutí jezero, které původně nastudoval Julius Reisinger pro Velké divadlo v roce 1877, bylo zpočátku kritickým i komerčním neúspěchem. Petipa se snažil balet obnovit s požehnáním Pjotra Iljiče Čajkovského, ale skladatel zemřel dříve, než nový balet vznikl. Petipa proto spolupracoval se svým bratrem Modestem Čajkovským, který příběh výrazně přepracoval a libreto přepsal do podoby, v níž se dnes běžně uvádí. Choreografii inscenace vytvořil Petipa se svým spolupracovníkem Lvem Ivanovem. Inscenace Labutího jezera ve složení Petipa, Ivanov a Čajkovskij, která měla premiéru v Mariinském divadle v roce 1895, zaznamenala velký úspěch a je dnes považována za nejslavnější balet všech dob. Téměř všechna pozdější nastudování Labutího jezera vycházejí z této inscenace z roku 1895.

Po ruské revoluci sovětská vláda rozhodla, že baletní škola a soubor jsou nežádoucími symboly carského režimu, a obojí uzavřela. Jako první byl obnoven baletní soubor, který se stal známým jako Sovětský balet, škola byla později znovu otevřena jako Leningradská státní choreografická škola, obě zůstaly na svých předchozích místech.

Po zavraždění významné sovětské osobnosti Sergeje Kirova v roce 1934 byl Sovětský balet přejmenován na Kirovův balet, což je název, který se dodnes někdy nesprávně používá. Po skončení komunistické vlády byly baletní soubor a operní soubor přejmenovány na divadlo a staly se Mariinským baletem a Mariinskou operou. Oba soubory nyní řídí samo divadlo.

Přes všechny tyto změny je dnešní Mariinský balet stále spojen se školou, která se nyní jmenuje Vaganovská baletní akademie.

.