OntoBee AberOWL OLS NCBI

Ontologie NCBITaxon je automatický překlad taxonomické databáze NCBI do obo/owl.

Překlad považuje každý taxon za třídu obo/owl, jejímiž instancemi (pro většinu větví ontologie) by byly jednotlivé organismy. Například:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

Překlad věrně reprodukuje veškerý obsah zdrojové databáze, a to i tam, kde je to v rozporu s pokyny OBO. Například:

• Třída kořenů se nazývá „kořen“, a ne něco jako „organismus“
• Používají se názvy v množném čísle (Linnéovy i obecné názvy). Např. „savci“
• Organismus některých tříd může být sporný – buď biologicky („viry“), nebo ontologicky („vzorky životního prostředí“)
• Synonyma mohou obsahovat uvozovky jako součást textu

PURL

PURL pro tuto ontologii jsou:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (oficiální purl pro ontologii)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (verze obo-formátu)

PURLs by měly být resolvovatelné v OntoBee. Např.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Release

Release obo/owl se děje při ručním spuštění Continuous IntegrationJob. V současné době to musí provést správce OBO. V současné době není stanoven žádný pevný cyklus a obecně se to provádí na vyžádání. Tým, který se tím neformálně zabývá, je:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Připomínky k tomuto tématu můžete sdělit na mailové konferenci (viz níže).

Rozšíření

Pro účely seskupování používá GO rozšíření NCBITaxon. Viz:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

tato ontologie obsahuje nové třídy ve jmenném prostoru NCBITaxon_Union. Všechny tyto třídy jsou definovány pomocí unionů – například Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Omezení taxonů

Jedním z hlavních použití ontologie NCBITaxon je definování omezení taxonů ve vícedruhové ontologii. Podrobnosti viz:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). Formalizace omezení založených na taxonech pro odhalování nekonzistencí při tvorbě anotací a ontologií. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Taxon constraints in OWL (blog post)
• Taxon constraints in Uberon
• A Taxonomy for Immunologists ICBO 2013

Mailing Lists

.

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Všimněte si, že se liší od ostatních ontologií OBO tím, že se jedná o překlad databáze vytvořené mimo OBO. Pokud si přejete navrhnout skutečné změny taxonomie v databázi, obraťte se na NCBI.

Pracovníci NCBI jsou velmi vstřícní a ochotní, jak ukazuje tento příspěvek týmu Bgee

Pokud si přejete navrhnout změny v překladu, obraťte se na správce nebo na výše uvedený mailový seznam.

Citování ontologie NCBITaxon

Před citováním si položte otázku, co je artefakt, který chcete citovat:

• Taxonomická databáze NCBI
• Výklad OBO/OWL taxonomické databáze NCBI

Předchozí překlad je poměrně triviální překlad prvního. Pokud nějakým způsobem citujete obsah, pak byste měli citovat databázi. V současné době je nejaktuálnější odkaz:

• Federhen, Scott. Taxonomická databáze NCBI. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Pokud chcete citovat konkrétně překlad OBO/OWL, použijte URL této stránky

.