John Cotton, (narozen 4. prosince 1585, Derby, Derbyshire, Anglie – zemřel 23. prosince 1652, Boston, Mass. ), vlivný novoanglický puritánský vůdce, který po útěku před pronásledováním nonkonformistů ze strany anglikánské církve působil především jako „učitel“ První bostonské církve (1633-52).
Vystudoval na Trinity College v Cambridge, v roce 1612 se Cotton stal vikářem farního kostela svatého Botolpha v Bostonu v Lincolnshiru a na tomto postu zůstal 21 let. Během této doby se jeho názory postupně stávaly více puritánskými a při výkonu svých povinností přestal dodržovat některé anglikánské náboženské rituály. V roce 1632 proti němu bylo pro jeho nonkonformismus zahájeno soudní řízení a v červenci 1633 emigroval do kolonie Massachusettského zálivu, kde se stal „učitelem“ prvního bostonského kostela a zůstal jím až do své smrti. Jeho popularita v kolonii byla bezmezná a jeho vliv v občanských i církevních záležitostech byl pravděpodobně větší než u kteréhokoli jiného duchovního v teokratické Nové Anglii.
Cotton napsal několik děl, která představují neocenitelný výklad novoanglického kongregacionalismu, včetně knih The Way of the Churches of Christ in New England (1645) a The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Jím napsaný katechismus Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646) byl v Nové Anglii po mnoho let hojně používán pro náboženskou výuku dětí.
.