Následující poruchy mohou vypadat podobně jako Maffucciho syndrom; obvykle je však lze odlišit klinickým vyšetřením.

Ollierova nemoc
Jedná se o vzácnou poruchu skeletu charakterizovanou abnormálním vývojem kostí a enchondromy, při absenci kožních cévních lézí, které charakterizují Maffucciho syndrom. Ollierova choroba je sice přítomna již při narození, ale může se projevit až v raném dětství, kdy se objeví deformace skeletu nebo abnormální růst končetiny. Ollierova choroba postihuje především dlouhé kosti a chrupavky kloubů rukou a nohou, konkrétně místo, kde se stýká dřík a hlavice dlouhé kosti (metafýza). Často je postižena také pánev a vzácněji jsou postižena žebra, hrudní kost (sternum) a lebka. Při onemocnění dochází k růstu enchondromů z chrupavky v dlouhých kostech, takže vnější vrstva (kortikální kost) se stává tenkou a křehkou. Po pubertě se tyto chrupavčité výrůstky stabilizují, protože chrupavka je nahrazena kostí. Tyto enchondromy mohou podléhat maligní degeneraci, ale mnohem méně často než u Maffucciho syndromu. u mnoha pacientů se vyskytují somatické mutace v genu pro isocitrát dehydrogenázu, IDH1 nebo IDH2. Porucha není dědičná. (Pro více informací o této poruše zvolte v databázi vzácných onemocnění jako hledaný výraz „Ollier“).

Syndrom modrých gumových névů
Modré cévní léze u Maffucciho syndromu mohou být zaměněny za tuto vzácnou cévní poruchu, která je charakterizována mnohočetnými, měkkými, vyvýšenými, modrými, modročernými nebo purpurově červenými zduřeninami (žilní malformace). Léze vznikají v kůži a vnitřních orgánech, zejména v gastrointestinálním traktu. Obvykle se objevují na rukou a chodidlech, ale mohou se objevit i kdekoli na těle, včetně obličeje a trupu, a v játrech, plicích, slezině, žlučníku, ledvinách a kosterním svalstvu. Tyto vnitřní léze mohou způsobit závažné komplikace. Krvácení z gastrointestinálního traktu má obvykle za následek chronickou anémii, která může vyžadovat transfuzi krve. Je známo, že příčinou je somatická mutace v genu TIE 2 (TEK) (Pro více informací o tomto onemocnění zvolte v databázi vzácných onemocnění jako hledaný výraz „Blue Rubber Bleb Nevus“).

Proteův syndrom
Toto extrémně vzácné onemocnění může být zaměněno za Maffucciho syndrom. Je charakterizován cerebriformními névy pojivové tkáně („mokasínové nohy“), epidermálními névy, lipomy a disproporčním, neúprosným a asymetrickým srůstem skeletu. Pacienti s Proteusem jsou po narození v podstatě normální, s výjimkou znamének. Mohou mít také kapilární malformace a žilní malformace. Zvětšené žíly je vystavují riziku plicní tromboembolie, která může být smrtelná. Příčinou je somatická aktivační mutace genu AKT1, která se vyskytuje v buňkách v raném embryonálním období. Není dědičná. (Pro více informací o této poruše zvolte v databázi vzácných onemocnění jako vyhledávací výraz „Proteus“).

Podskupina pacientů, u kterých byl původně diagnostikován Proteův syndrom, má další poruchu přerůstání CLOVES způsobenou mutací v genu PIK3CA. (Pro více informací o této poruše zvolte v databázi vzácných onemocnění jako hledaný výraz „CLOVES“).