Před její existencí se mnoho konzervativních nazaretských kazatelů domnívalo, že jejich denominace směřuje k liberalismu (Church of the Nazarene), jeden z nich se jmenoval Rev. Glenn Griffith. Na podzim roku 1955 uspořádal Rev. Glenn Griffith stanové shromáždění v Idahu, po kterém skupina shromážděná na stanovém shromáždění pocítila přesvědčení založit novou denominaci po vzoru své mateřské církve, tato denominace se měla jmenovat „Biblická misijní unie“. Glenn Griffith by se stal jejich generálním moderátorem, v následujících měsících by se řada nazaretských církví stáhla a připojila k BMU. Teprve o rok později, v roce 1956, by BMU uspořádala svou generální konferenci v Coloradu, na tomto setkání by se k této nové denominaci připojili Rev. Elbert Dodd a Rev. Spencer Johnson, během konference by denominaci přejmenovali na to, co by se nazývalo Biblická misijní církev. Na konferenci v roce 1956 si denominace odhlasovala, že generálními moderátory Biblické misijní církve budou Rev. Glenn Griffith a Rev. Elbert Dodd.

Koncem padesátých let vybudovala Biblická misijní církev v Rock Islandu ve státě Illinois svůj ústav pro vzdělávání laiků a kazatelů.

V roce 1958 Rev. Glenn Griffith opustil Biblickou misijní církev a několik dalších kvůli otázce rozvodu, později založili Wesleyan Holiness Association of Churches.

V roce 1987 opustilo B.M.C. několik církví kvůli určitému střetu zájmů o směřování církve, což by se dalo považovat za temné období pro denominaci.

V roce 2003 opustilo B.M.C. po Generální konferenci několik církví kvůli konzervativnímu používání internetu a legalismu, avšak na rozdíl od rozkolu v roce 1987 byly církve, které odešly, v této věci mnohem organizovanější a vytvořily Poutní nazaretskou církev. Je zajímavé, že v roce 2019 se P.N.C. sloučila s Biblickým metodistickým spojením církví, ale v roce 2008 několik církví P.N.C. opustilo a vytvořilo Wesleyan Nazarene Church kvůli tomu, že se podle nich do denominace vkrádal liberalismus.

Nejnovější generální konference se konala v roce 2019 a generálními moderátory byli Rev. Rodger Moyer a Rev. John Kinnaman.

V současné době je Biblická misijní církev jednou z největších denominací Konzervativního hnutí svatosti, nicméně by se dala považovat za nejvíce izolovanou. Uznávají ostatní církve svatosti, ale konají jen málo společných bohoslužeb. Neoficiálně jsou považováni za součást Mezicírkevního shromáždění svatosti, ale téměř žádného shromáždění se neúčastní.