Název „Óbidos“ je latinizované (oppidum, citadela) odvozený od staršího keltského „Eburobricio“. Obec se rozrostla z římské osady při úpatí vyvýšeného srázu. Oblast Óbidosu, rozkládající se od Atlantiku až do vnitrozemí provincie Estremadura podél řek a jezer, byla osídlena již v pozdním paleolitu. Rané keltské kmeny zde vybudovaly osadu, která se později stala obchodním centrem Féničanů. Archeologické nálezy ze základny středověké věže (jižně od města Facho) u hradu Óbidos ukazují na římskou výstavbu spojenou s předpolím římské civitas Eburobrittium, rozsáhlou městskou oblastí, která byla předmětem vykopávek. Archeologický průzkum určil pozůstatky fóra, lázní a dalších římských staveb v blízkosti osady.
Po pádu Říma se oblast dostala pod vliv Vizigótů, i když konkrétní záznamy chybí. Římské město Eburobrittium bylo v 5. století opuštěno kvůli bezpečnějšímu vrcholu kopce, kde se dnes nachází hlavní osada. Někdy po roce 713 si na této hoře Maurové zřídili opevnění, zatímco v sousedství Moncharra žila křesťanská komunita Mozarabů.
Území od Maurů zabral první portugalský král Afonso Henriques v roce 1148. Podle tradice se o úspěšné vyražení maurského hradu zasloužil jeden rytíř, Gonçalo Mendes da Maia. Dobytí Óbidosu bylo po osídlení Santarému, Lisabonu a Torres Vedras závěrečnou etapou dobývání regionu provincie Estremadura. Po ovládnutí regionu získala osada svůj první foral (listinu) v roce 1195 za vlády krále Sancha I. V roce 1210 udělil král Afonso II. titul této vesnice královně Urrace. Od té doby byl Óbidos často pod patronací portugalských královen, což dalo vzniknout jeho neformálnímu názvu Vila das Rainhas (česky: město královen); několik královských chotí obohatilo vesnici dary od středověku až do 16. století.
Hrad a hradby Óbidosu byly přestavěny za vlády krále Dinise I. Vápencová a mramorová stavba byla zpevněna a propracována, zatímco pevnost byla vytvořena ve 14. století králem Fernandem. V době první přestavby se osada rozrostla i za brány hradu.
Kostel Santa Maria v Óbidosu byl dějištěm svatby krále Afonsa V. s jeho sestřenicí, princeznou Isabelou z Coimbry, 15. srpna 1441, kdy byli oba ještě dětmi ve věku 9 a 10 let. Správní reformy, které v Óbidosu provedl král Manuel I. v roce 1513, zahrnovaly instituci formálního statutu a rozsáhlou rekvalifikaci městské části.
Zemětřesení v roce 1755 poškodilo hradby obce, několik kostelů a mnoho budov a mělo za následek ztrátu architektury arabské nebo středověké inspirace. Stejně tak se v okolí Óbidosu odehrály poloostrovní války, včetně bitvy u Roliça. V nedávné době byla vesnice centrem vlády a místem setkávání účastníků karafiátové revoluce z roku 1974, což ji spojuje s revoltou hnutí ozbrojených sil.