In 1948 organiseerde David Johnston, toenmalig redacteur van het tijdschrift Strength and Health, samen met zijn team de Mr. Universe-wedstrijd in Londen, die samenviel met de Olympische Spelen. Het evenement trok veel aandacht van bodybuilders en het grote publiek dat het Scala Theater afgeladen vol had om het spektakel te zien. John Grimek won de eerste titel en Steve Reeves werd tweede. Reeves vond uiteindelijk zijn weg naar de microfoon om te verklaren: “Ik denk dat John Grimek de grootste bodybuilder is die ooit heeft geleefd!”
Hoewel er in 1949 geen wedstrijd werd gehouden, waren leden van de Strength and Health League achter de schermen bezig met het regelen van de oprichting van de National Amateur Body-Builders’ Association of NABBA. De NABBA kondigde aan dat ze in 1950 opnieuw de Mr Universe-wedstrijd zou organiseren. Steve Reeves keerde terug naar Engeland om dat jaar tot kampioen gekroond te worden. Hoewel hij de eerste NABBA Mr Universe was, werd Steve Reeves niet gekozen als het silhouet voor het NABBA logo. Die onderscheiding zou naar John Grimek gaan en zijn beeltenis wordt tot op de dag van vandaag gebruikt als het embleem van de vereniging.
Toen Oscar Heidenstam secretaris werd van de NABBA in 1955, na een zeer succesvolle wedstrijdcarrière, werd hij al snel de belangrijkste drijvende kracht achter niet alleen de NABBA maar ook de Mr Universe wedstrijd. Rond dezelfde tijd werd een netwerk van regionale shows in het Verenigd Koninkrijk opgericht om het ledenaantal te verhogen.
In 1957 werd de Guadeloupan-Franse bodybuilder Arthur Robin de eerste zwarte man die de Mr Universe titel won.
Het vroege succes van de Mr Universe werd ondersteund door de steun van veel van de grote namen die deelnamen zoals John Grimek, Steve Reeves, Reg Park en Bill Pearl. In de jaren zestig en zeventig werd de Mr Universe ook het lanceerplatform voor veel van de beroemde bodybuilders van die tijd, zoals Arnold Schwarzenegger, Lou Ferrigno, Serge Nubret en vele anderen.
Dit waren de meest invloedrijke kampioenen, die niet alleen deelnamen, maar ook anderen in Amerika en Europa aanmoedigden om de Universe te steunen. Hun inspiratie stimuleert vandaag de dag nog steeds veel jonge bodybuilders.
Werd de wedstrijd aanvankelijk alleen voor mannelijke amateurbodybuilders gehouden, in 1952 werd er een professionele klasse aan toegevoegd. De grondwet van de NABBA UK definieert een amateur traditioneel als iemand die “nooit heeft deelgenomen en prijzengeld heeft aanvaard in een geadverteerde professionele wedstrijd”. Tegenwoordig biedt NABBA International, het wereldwijde bestuursorgaan, Pro Cards aan de vier winnaars van de mannelijke hoogteklasse op de Universe Championships en de NABBA World Championships. Tussen 2011 en 2013 werd er geen professionele Mr. Universe klasse gehouden omdat de belangstelling was afgenomen. In 2013 echter, na een afwezigheid van zeven jaar uit de competitie, keerde Lee Priest terug en won de overall titel als amateur. Na zijn overwinning bepaalde de NABBA International Council dat in 2014 de NABBA Professional Division opnieuw zou worden opgericht met als inaugurele professionele wedstrijd de 2014 NABBA World Championships in Belfast, Noord-Ierland. In 2014 won Dave Titterton de Professional Mr Universe-titel in Southport, Engeland.
De bodybuildingklassen voor vrouwen werden vanaf 1968 opgenomen als Ms Physique en vervolgens in 1986 verdeeld in Ms Physique en Ms Figure. De klasse Ms Physique is sindsdien niet meer opgenomen in de Universe Championships, maar een Ms Toned en Ms Athletic Figure wordt nu wel aangeboden.
In 1985 werd een Junior Mr Universe-klasse opgenomen voor mannen onder 21 jaar. Deze klasse werd tussen 1990 en 1999 opgeheven, maar keerde in 2000 terug.
In 1991 werd een klasse Masters over 40 ingevoerd. De eerste winnaar was Graeme Lancefield uit Australië, die NABBA-legende John Citrone nipt versloeg voor de titel. In 2002 werd een Masters Over 50-klasse ingevoerd, waarbij Mr Universe-veteraan Ian Lawrence uit Schotland de nieuwe prijs in de wacht sleepte.
De NABBA Universe Championships worden gehouden onder auspiciën van NABBA UK en haar voorzitter Jim Charles.
Een aparte wedstrijd met de naam IFBB Mr. Universe werd georganiseerd door de IFBB, maar zijn naam werd in 1976 veranderd in de World Amateur Bodybuilding Championships.