Het is onbekend wat er is gebeurd.

We weten wel wat er niet is gebeurd. Een populaire fan-theorie is dat er een soort Cataclysme is geweest waarbij Zero is losgebroken en iedereen heeft gedood. Dit is expliciet verworpen door Keiji Inafune zelf.

Wily is geïmpliceerd te hebben overleefd door het Maverick Virus en is zeker degene die het heeft gemaakt en Zero. Daar is in ieder geval nul twijfel over.

Als ik moest gokken:Roll is waarschijnlijk later versleten.

Blues/Protoman is waarschijnlijk gestorven aan zijn energie-onbalans.

Het is waarschijnlijk dat Megaman en Forte/Bass elkaar uiteindelijk hebben gedood.

Light’s gezondheid ging duidelijk achteruit in de Day of Sigma flashbacks, dus het is waarschijnlijk dat hij gewoon een natuurlijke dood stierf.

Het is sterk gesuggereerd, maar nooit bevestigd, dat Wily zijn geest naar een computer heeft geüpload.

Een alternatief lot voor Megaman zou dit kunnen zijn: Een van Dr. Wily’s Robot Masters is Quint, een geherprogrammeerde versie van Megaman die Wily 34 jaar in de toekomst heeft gestolen. Op dat moment was Megamans gevecht voorbij en waren zijn gevechtsonderdelen verwijderd, dus gaf Wily hem nieuwe in een poging om zijn vroegere ik te doden. Uiteraard versloeg Megaman hem, maar ik weet vrij zeker dat Quint niet echt vernietigd is.

Ik weet niet zeker wat daar gebeurd is.