MODELLER wordt gebruikt voor homologie of vergelijkende modellering van driedimensionale eiwitstructuren (1,2). De gebruiker levert een uitlijning van een te modelleren sequentie met bekende verwante structuren en MODELLER berekent automatisch een model dat alle niet-waterstofatomen bevat. MODELLER implementeert vergelijkende modellering van eiwitstructuren door te voldoen aan ruimtelijke beperkingen (3,4), en kan vele aanvullende taken uitvoeren, waaronder de novo modellering van lussen in eiwitstructuren, optimalisering van verschillende modellen van eiwitstructuren ten opzichte van een flexibel gedefinieerde doelfunctie, meervoudige uitlijning van eiwitsequenties en/of -structuren, clustering, zoeken van sequentiedatabases, vergelijking van eiwitstructuren, enz. MODELLER kan worden gedownload voor de meeste Unix/Linux systemen, Windows en Mac.

Er zijn diverse grafische interfaces voor MODELLER in de handel verkrijgbaar. Er zijn ook veel andere bronnen en mensen die Modeller gebruiken in grafische of web interfaces of andere frameworks.

1. B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Comparative protein structure modeling of genes and genomes. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

De huidige versie van Modeller is 10.1, die werd vrijgegeven op 18 mrt, 2021. Modeller wordt momenteel onderhouden door Ben Webb.