Nerja heeft een lange geschiedenis, zoals blijkt uit de primitieve schilderingen in de beroemde Nerja-grotten, die in 1959 werden ontdekt. Men denkt nu dat deze grotten slechts één ingang zijn tot een aaneengesloten reeks van zinkgaten die zich vele kilometers in de bergen tussen Nerja en Granada uitstrekken, en die nog wel eens een van de meest uitgebreide onontdekte systemen in Europa zouden kunnen blijken te zijn. Bezoekers aan de grotten kunnen de overblijfselen bekijken van een van de oude bewoners van Nerja.
De Romeinen bouwden hier drie nederzettingen, waaronder Detunda, waarvan nu nog grote overblijfselen te zien zijn. Het gebied werd later overgenomen door de Arabieren in het begin van de 8e eeuw. Onder de Moren stond de stad bekend als Narixa, wat “overvloedige bron” betekent, waarvan de huidige naam is afgeleid.
Van zijn landbouw- en zijdeproducten wordt gezegd dat ze in de hele moslimwereld beroemd waren en al in de 10e eeuw op de markten van Damascus werden verhandeld.
Het Balcón de Europa, een mirador of uitkijkpunt dat een prachtig uitzicht over de zee biedt, ligt in het centrum van de oude stad. In de volksmond wordt aangenomen dat de naam is bedacht door koning Alfonso XII, die het gebied in 1885 na een rampzalige aardbeving bezocht en onder de indruk was van het tafereel. Volgens de plaatselijke folklore stond hij op de plaats waar nu het Balcón staat, en zei: “Dit is het balkon van Europa”. Volgens plaatselijke archiefdocumenten dateert de naam van vóór dit bezoek, maar dit heeft de autoriteiten er niet van weerhouden een levensgroot (en veel gefotografeerd) standbeeld van de koning bij de reling te plaatsen.
Het Balcón-gebied stond oorspronkelijk bekend als La Batería, een verwijzing naar de geschutsbatterij die daar in een versterkte toren stond. Deze geschutsbatterij en een soortgelijke toren in de buurt werden tijdens de Peninsulaire Oorlog verwoest. In mei 1812 steunden de Britse schepen Hyacinth, Termagant en Basilisk de Spaanse guerrilla’s op de kust van Granada, tegen de Fransen. Op 20 mei openden de Termagant of Hyacinth het vuur en werden de forten vernietigd. Twee roestige kanonnen aan het eind van de Balcón herinneren aan deze gewelddadige tijden. De enorme brokken rots, de overblijfselen van La Batería, zichtbaar in zee aan het eind van de Balcón, zijn verdere bewijzen van deze actie.
