1999-2004: Onset of Putrefaction en EpitaphEdit
Necrophagist’s debuutalbum Onset of Putrefaction is al jaren niet meer te verkrijgen. De percussie op het album werd verzorgd door een drummachine. Uiteindelijk is er een nieuwe uitgave gemaakt met drumsamples opgenomen door Hannes Grossmann. Alle oude gitaar-, basgitaar- en zangtracks werden gemixt met de gloednieuwe drumsamples. De heruitgave bevat ook twee nummers van Necrophagist’s 1995 titelloze demo tape. Het hele album werd ook gemixt door Necrophagist technicus en producer Christoph Brandes in The Iguana Studios. Het werd gemasterd door Bob Katz bij “Digital Domain”, Orlando, Florida. De heruitgave werd in 2004 uitgegeven door Willowtip in de Verenigde Staten/Canada en Relapse in de rest van de wereld. In augustus 2001 trad Necrophagist op tijdens het Brutal Assault openluchtfestival in de Tsjechische Republiek. De band keerde ook terug om op te treden in de jaren 2003, 2005 en 2010.
2004-2012: Touren en voortdurende line-up veranderingenEdit
Op 10 februari 2006 werd aangekondigd dat Christian Münzner de band had verlaten vanwege planningsconflicten. Later sloot hij zich aan bij de death metal band Obscura. Er werd een vervangende gitarist gevonden, Sami Raatikainen, die afkomstig is uit Helsinki, Finland. Sami speelt ook in de band Codeon.
In 2006 ondernam de band een Amerikaanse tournee genaamd “Carving North America’s Epitaph”. Necrophagist werd op deze tour vergezeld door Arsis, Alarum, Neuraxis, Ion Dissonance, Cattle Decapitation en Thine Eyes Bleed. Ze, samen met Dying Fetus, ondersteunden Cannibal Corpse op hun Amerikaanse tournee in de herfst, die ook enkele Canadese zalen aandeed.
In 2007 kondigde de band op zijn Myspace profiel aan dat na het Californische Metalfest van 2007, drummer Hannes Grossmann de band zou verlaten. Hannes verklaarde dat hij niet in staat was om zich te verbinden aan het full-time tourschema van de band. Marco Minnemann (die heeft gespeeld met Paul Gilbert, Terry Bozzio, Chad Wackerman) was de officiële permanente vervanger van Hannes.
Necrophagist was een headliner act voor The Summer Slaughter Tour in 2007, die een breed scala van andere extreme metal bands waaronder Decapitated, Arsis, The Faceless, Cephalic Carnage, As Blood Runs Black, en Cattle Decapitation.
In april 2008 kondigde Necrophagist aan dat Romain Goulon zich bij de band zou voegen als hun nieuwe drummer, ter vervanging van Minnemann, die nog steeds met Suiçmez zou werken aan een zijproject.
Necrophagist speelde in de “Pillage the Village Tour” in 2008 van 26 augustus 2008 tot 10 september 2008 met death metal bands Dying Fetus en Beneath the Massacre. Shows in sommige gebieden waren ook Carcass, Suffocation, 1349, en Aborted.
In 2008 begon Necrophagist te werken aan zijn volgende album met nieuwe drummer Romain Goulon. Volgens geruchten waren twee mogelijke namen “The Path to Naught” en “Death to the Faithful”. Suiçmez verklaarde dat de band zevensnarige gitaren zou gebruiken op het album. Muhammed zelf zal opnames maken met een nieuwe custom shop Ibanez Xiphos gitaar met 7 snaren, en 27 frets. Sami Raatikainen is nu een Ibanez Guitar endorser, en gebruikt een 7 snarige RG-Series gitaar op het podium.
2012-: HiatusEdit
In 2012 is het onbekend of Necrophagist nog actief is, of plannen heeft om een vervolg op Epitaph uit te brengen. Dit heeft geleid tot een grote hoeveelheid speculatie van de kant van de fans, verbijsterd door het lange wachten op het album. Echter, in een verklaring van augustus 2012 verklaarde voormalig drummer Marco Minnemann dat er wel degelijk vooruitgang is met een nieuw album, door te zeggen: “Ik weet dat mensen zo hard wachten op het nieuwe Necro album. Muhammed is een zeer goede vriend van mij en ik weet dat hij echt bezorgd is over het afleveren van het best mogelijke album. Maar ik weet persoonlijk dat er progress….hang op daar, ik weet zeker dat hij de goederen zal leveren.”
Op 11 september 2013, drummer Romain Goulon gaf een verklaring uit dat Necrophagist nog steeds actief zijn en proberen een nieuw album op te nemen, echter, er was geen indicatie van wanneer het zou worden uitgebracht. Vervolgens op 4 april 2016, reageerde Goulon op een Facebook-commentaar en verklaarde “We zijn op zoek naar een kist om de doden te rouwen”, wat impliceert dat Necrophagist niet verder zou gaan als een band.