OntoBee AberOWL OLS NCBI

De NCBITaxon ontologie is een automatische vertaling van de NCBI taxonomie database naar obo/owl.

De vertaling behandelt elk taxon als een obo/owl klasse waarvan de instanties (voor de meeste takken van de ontologie) individuele organismen zouden zijn. Bijvoorbeeld:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

De vertaling reproduceert getrouw de gehele inhoud van de brondatabase, zelfs wanneer dit in strijd is met de OBO-richtlijnen. Bijvoorbeeld:

• De hoofdklasse wordt “wortel” genoemd, in plaats van iets als “organisme”
• Er worden meervoudige namen gebruikt (zowel Linnaean- als gewone namen). Bijv. “zoogdieren”
• Het organisme-zijn van bepaalde klassen kan worden betwist – hetzij biologisch (“virussen”) of ontologisch (“milieumonsters”)
• Synoniemen kunnen aanhalingstekens bevatten als onderdeel van de tekst

PURLs

De purls voor deze ontologie zijn:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (officiële purl voor ontologie)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (obo-format versie)

De PURLs moeten in OntoBee oplosbaar zijn. Bv.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Releases van de obo/owl gebeuren wanneer de Continuous IntegrationJob handmatig wordt getriggerd. Momenteel moet dit worden gedaan door een OBO beheerder. Er is momenteel geen vaste cyclus, en dit wordt over het algemeen op verzoek gedaan. Het team dat dit informeel afhandelt is:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Neem contact op met de maillijst (zie hieronder) voor commentaar hierop.

Extensies

De GO gebruikt een extensie van NCBITaxon voor groeperingsdoeleinden. Zie:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

deze ontologie bevat nieuwe klassen in de NCBITaxon_Union namespace. Deze klassen zijn allemaal gedefinieerd met behulp van unions – bijvoorbeeld Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

Een van de belangrijkste toepassingen van de NCBITaxon-ontologie is het definiëren van taxonrestricties in een multi-species ontologie. Zie voor details:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). Formalisering van taxon-gebaseerde beperkingen om inconsistenties in annotatie en ontologie-ontwikkeling te detecteren. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Taxon constraints in OWL (blog post)
• Taxon constraints in Uberon
• A Taxonomy for Immunologists ICBO 2013

Mailing Lists

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Merk op dat dit verschilt van andere OBO-ontologieën in die zin dat het een vertaling is van een database die buiten OBO om is gemaakt. Als u wijzigingen in de database wilt voorstellen, neem dan contact op met de NCBI.

De NCBI-medewerkers zijn zeer ontvankelijk en behulpzaam, zoals dit bericht van het Bgee-team laat zien

Als u wijzigingen in de vertaling wilt voorstellen, neem dan contact op met de beheerder of met de bovenvermelde e-maillijst.

Citeren van de NCBITaxon ontologie

Voordat u citeert, moet u zich afvragen wat het artefact is dat u wilt citeren:

• De NCBI taxonomie database
• De OBO/OWL rendering van de NCBI taxonomie database

De laatste is een tamelijk triviale vertaling van de eerste. Als u op enigerlei wijze de inhoud citeert, dan moet u de database citeren. Momenteel is de meest actuele referentie:

• Federhen, Scott. De NCBI taxonomie database. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Als u specifiek de OBO/OWL vertaling wilt citeren, gebruik dan de URL voor deze pagina