Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, voorheen Not Another Molecular Dynamics Program) is computersoftware voor simulatie van moleculaire dynamica, geschreven met behulp van het parallelle programmeermodel Charm++. Het staat bekend om zijn parallelle efficiëntie en wordt vaak gebruikt om grote systemen (miljoenen atomen) te simuleren. Het is ontwikkeld door de samenwerking van de Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) en het Parallel Programming Laboratory (PPL) van de University of Illinois at Urbana-Champaign.
University of Illinois at Urbana-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)
1995; 26 jaar geleden
C++
Cross-platform: Windows, Linux, macOS, Unix
x86, x86-64
Engels
Simulatie van moleculaire dynamica
Eigendomsrecht, freeware voor niet-commercieel gebruik
www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Het werd in 1995 geïntroduceerd door Nelson et al. als een parallelle moleculaire dynamica code die interactieve simulatie mogelijk maakt door te linken naar de visualisatie code VMD. NAMD is sindsdien volwassen geworden, heeft vele functies toegevoegd en is opgeschaald tot meer dan 500.000 processorkernen.
NAMD heeft een interface met de kwantumchemie-pakketten ORCA en MOPAC, evenals een gescripte interface met vele andere kwantumpakketten. Samen met Visual Molecular Dynamics (VMD) en QwikMD, biedt de interface van NAMD toegang tot hybride QM/MM simulaties in een geïntegreerde, uitgebreide, aanpasbare en eenvoudig te gebruiken suite.
NAMD is beschikbaar als freeware voor niet-commercieel gebruik door individuen, academische instellingen, en bedrijven voor in-house zakelijk gebruik.