Hoewel de meerderheid van de nummers op My Brain Hurts geschreven werden door Weasel, net als het materiaal op de vorige albums van de band, begon hij ook meer samen te werken met Vapid en minder met Jughead. Het enige nummer op het album dat Jughead als co-writer vermeldt is “Fathead”, waarvan de originele versie eerder verscheen op de Punkhouse EP. Achteraf zou Weasel Vapid de “enige persoon noemen met wie ik me op mijn gemak voelde bij het schrijven van nummers.”

De gitaar lead voor “Guest List” was oorspronkelijk geschreven door Vapid voor een Sludgeworth nummer, maar het “werkte gewoon niet”, terwijl het refrein “in mijn hoofd opkwam” toen hij door Roscoe Village in North Center, Chicago reed kort voordat de band het album ging opnemen. Tijdens een trip naar Olympia, Washington, toonde Vapid wat hij geschreven had aan Weasel, die de lead en het refrein idee combineerde in één song. Weasel bracht ook de lead een octaaf omhoog, wat naar verluidt een “hoedtip aan de lokale helden Naked Raygun” was. Weasel schreef het grootste deel van de tekst van het nummer, maar zei dat “‘Now I get to watch her dance like the other weirdos do’ een regel was die alleen van Vapid kon komen.”

Volgens Vapid begon “Veronica Hates Me” als een spel op het Material Issue-nummer “Valerie Loves Me”. “Op dat moment, denk ik dat we kwade wil koesterden jegens hun zanger, Jim Ellison, omdat hij ons had opgelicht tijdens een show die hij had gepromoot”, verklaarde Vapid. Tijdens het schrijven van het nummer, zei Weasel dat hij “probeerde om de standaard akkoorden te nemen die gebruikt werden in oude rock ‘n’ roll en geupdate door de Ramones en ze een beetje rond te draaien.” Weasel verklaarde dat toen hij begon met het schrijven van het nummer, hij een regel maakte dat hij niet “buiten de standaard vier akkoorden zou gaan die in die stijl van nummers worden gebruikt.” “In de pauze gebruikte ik een traditioneel arrangement om de luisteraar te geven wat ik veronderstelde wat ze zouden willen nadat ik het grootste deel van het nummer had volgehouden”, zei hij. Ondanks het feit dat het niet samen met Vapid is geschreven, zei Weasel dat hij het nummer schreef “met hem in gedachten”, en legde uit dat “sommige van mijn beste nummers uit deze tijd kwamen uitsluitend voort uit mijn verlangen om nummers te schrijven die indruk op hem zouden maken.”

Weasel heeft verklaard dat hij “een ontploffing had met het arrangeren van ‘I Can See Clearly'”, en gaf toe dat “het de eerste keer was dat ik een fatsoenlijk arrangement van iemand anders’ nummer had gedaan en ik was erg blij met het resultaat.” Het arrangement van de groep bevatte echter niet de brug uit het origineel. “Onze versie rechtvaardigde niet echt een brug, dus verving ik die door de openingsgitaar lead, die dan veranderde in een melodische lead voor de laatste vier maten”, zei Weasel.

“The Science of Myth” werd gedeeltelijk geïnspireerd door de PBS documentaire Joseph Campbell and the Power of Myth uit 1988. Weasel verklaarde dat hij “geïnteresseerd raakte in de toepassing van spirituele overtuigingen” na het bekijken ervan en probeerde het nummer te schrijven en te arrangeren in een stijl “begunstigd door het type punkband dat typisch anti-religie nummers zou schrijven.” Hij was ook geïnspireerd door The Mr. T Experience song “The History of the Concept of the Soul”, en zei dat hij “wilde proberen om iets soortgelijks te doen door te schrijven wat eruit zou zien als de Cliff’s Notes versie van een essay en het te laten vloeien in plaats van het te schrijven op de manier van een conventionele rocktekst.” Oorspronkelijk overwoog Weasel om het nummer niet op het album te zetten, zeggende dat het “een beetje misplaatst” leek, maar besloot later om het op te nemen nadat het was opgenomen.