Mr. Sub werd in 1968 in Toronto, Canada, opgericht door twee vrienden, Jack Levinson, een boekhoudkundig medewerker, en Earl Linzon, een gymleraar, met een startkapitaal van $1500. De oprichters wilden kwaliteitsvoedsel verkopen; het snel serveren; het vers maken; en bovenal, klanten waar voor hun geld geven.

Het eerste Mr. Sub restaurant, dat toen nog Mr. Submarine heette, opende op 130 Yorkville Avenue, op de begane grond van een verbouwd Victoriaans rijtjeshuis. Na een positieve respons openden de twee oprichters vijf maanden later een tweede restaurant.

In 1972 verkocht Mr. Submarine zijn eerste franchise, en in 1990 werd het officieel Mr. Sub.

Na het midden van de jaren negentig raakte Mr. Sub in verval, als gevolg van de introductie van de Subway-franchise in Canada. In 2005 werd gespeculeerd dat Michael Bregman, de vroegere eigenaar van de koffieketen Second Cup, een overname van de keten overwoog. Andere namen die als mogelijke kopers werden genoemd, waren onder meer Cara Operations, de moedermaatschappij van Swiss Chalet, en Priszm Canadian Income Fund, de exploitant van KFC. De donutketen Country Style was in 2005 kortstondig geïnteresseerd in MR.SUB.

Op 18 augustus 2011 kondigde MTY Food Group, dat tegen die tijd eigenaar was van Country Style, aan dat het Mr. Sub eind oktober 2011 zou overnemen voor $ 23 miljoen.

Mr. Sub was oorspronkelijk de enige grote franchiseretailer van submarine sandwiches in Canada, tot de komst van Amerikaanse ketens zoals Subway. Het heeft nu te maken met hevige concurrentie van verschillende snelle servicemerken, die overleven in kleine steden / plattelandsmarkt, en reguliere afhaalplaatsen die de sandwich altijd hebben geserveerd.