De Mississippi River Commission werd in 1879 opgericht om de verbetering van de Mississippi vanaf de Head of Passes nabij de monding tot aan de bovenloop te vergemakkelijken. De opdracht van de commissie was het ontwikkelen en uitvoeren van plannen om de vaargeul van de Mississippi te corrigeren, permanent te lokaliseren en te verdiepen, de veiligheid en het gemak van de scheepvaart te verbeteren, verwoestende overstromingen te voorkomen en de handel, de handel en de posterijen te bevorderen en te vergemakkelijken.
Gedurende bijna een halve eeuw functioneerde de MRC als een uitvoerend orgaan dat rechtstreeks verslag uitbracht aan de Amerikaanse Minister van Oorlog. De grote Mississippi-vloed van 1927 veranderde de missie van het MRC. De daaropvolgende Flood Control Act van 1928 creëerde het Mississippi River and Tributaries Project (MR&T). De wet wees de verantwoordelijkheid voor de ontwikkeling en uitvoering van het Mississippi River and Tributaries Project (MR&T) toe aan de Mississippi River Commission. Het MR&T-project voorziet in de beheersing van de overstromingen van de Mississippi van de Head of Passes tot de omgeving van Cape Girardeau, Missouri, de beheersing van de overstromingen van de zijrivieren en afvoerkanalen van de Mississippi zoals die door haar backwaters worden beïnvloed, en de verbetering van de scheepvaart op de Mississippi van Baton Rouge, Louisiana, tot Cairo, Illinois. Dit omvat de verbetering van bepaalde havens en de verbetering van de scheepvaart op de Oude en de Atchafalaya-rivier vanaf de Mississippi tot Morgan City, Louisiana.
Het omvat ook oeverstabilisatie van de Mississippi vanaf de Head of Passes tot Cairo, Illinois, behoud, herstel en verbetering van milieuhulpbronnen, met inbegrip van maar niet beperkt tot maatregelen voor vis en wilde dieren, grotere watervoorraden, recreatie, culturele hulpbronnen en andere verwante programma’s voor de ontwikkeling van waterhulpbronnen, en halfjaarlijkse inspectiereizen om de toestand van de rivier te observeren en de coördinatie met plaatselijke belangen bij de uitvoering van projecten te vergemakkelijken. Al meer dan een eeuw worden de inspecties en hoorzittingen gehouden aan boord van de M/V Mississippi en haar voorgangers.
De commissie bestaat uit zeven leden. De huidige voorzitter van de Mississippi River Commission is U.S. Army Corps of Engineers Major General Kaiser. De missie wordt uitgevoerd door de United States Army Corps of Engineers Mississippi Valley Division Districts in St. Paul, Rock Island, St. Louis, Memphis, Vicksburg, en New Orleans.
Het hoofdkwartier van de operatie is in Historic Downtown Vicksburg in het Mississippi River Commission Building.