Geboren als Marpa Chökyi Lodrö, in Lhodrak Chukhyer in het zuiden van Tibet, in een welgestelde familie, begon hij op jonge leeftijd te studeren maar hij was wild en ongetemd in vergelijking met andere kinderen. Marpa kreeg eerst drie jaar onderricht in Mangkhar bij Drokmi Shakya Yeshe en beheerste het Sanskriet. Hij besloot naar India te reizen om bij beroemde Indiase boeddhistische meesters te studeren. Zijn eerste reis naar Nepal en India was in het gezelschap van Nyo Lōtsawa, bij wie hij als dienaar in dienst was. Marpa keerde terug naar huis in Lhodrak en zette zijn hele erfenis om in goud om zijn reiskosten te financieren en offers te brengen aan leraren.
Marpa reisde eerst naar Nepal waar hij studeerde bij Paindapa en Chitherpa, twee beroemde leerlingen van Naropa. Paindapa vergezelde Marpa later naar Pullahari, vlakbij de Nalanda Universiteit, waar Naropa onderwees. Marpa bracht twaalf jaar door met het bestuderen van Naropa en andere grote Indiase goeroes, met name Maitripada. Na twaalf jaar vertrok hij terug naar Tibet om les te geven en zijn dharma-activiteiten voort te zetten.
Marpa zou nog twee keer naar India reizen en nog drie keer naar Nepal en studeerde daar bij Naropa en andere grote leraren waaronder Maitripa. Hij zou in de grot van het Phugtal klooster hebben gelogeerd. Bij zijn derde bezoek aan India bleek Naropa, die bezig was met tantrische praktijken, moeilijk te vinden. Maar uiteindelijk vond Marpa hem en ontving de laatste leringen en instructies van Naropa. Het was toen dat Naropa voorspelde dat een familielijn voor Marpa niet zou worden voortgezet, maar dat zijn lijn zou worden voortgezet door zijn discipelen. Marpa had nu de volledige transmissie ontvangen, dus verklaarde Naropa Marpa formeel tot zijn opvolger, hoewel hij andere belangrijke discipelen had, waaronder Paindapa, Chitherpa, Shri Shantibhadra of Kukuripa, en Maitripa.
Na zijn terugkeer in Tibet, besteedde Marpa vele jaren aan het vertalen van boeddhistische geschriften en leverde een belangrijke bijdrage aan de transmissie van de volledige buddhadharma naar Tibet. Marpa bleef beoefenen en gaf onderricht en transmissies aan vele studenten in Tibet. Na zijn tweede bezoek aan India werd Milarepa zijn leerling. Na de dood van Marpa’s zoon, Darma Dode, erfde Milarepa zijn afstammingslijn volledig. Marpa woonde met zijn vrouw Dakmema en hun zonen in Lhodrak in het zuidelijk deel van Tibet. Marpa zou het Stongdey klooster in Zanskar hebben gesticht in 1052 CE.