Het Mariinsky Ballet werd opgericht in de jaren 1740, na de oprichting van de eerste Russische dansschool in 1738.

De Keizerlijke Theaterschool, zoals deze oorspronkelijk heette, werd opgericht op 4 mei 1738, in het Winterpaleis in Sint Petersburg. Het zou de voorloper worden van de huidige Vaganova Ballet Academie. De oprichter van de school was de Franse balletmeester en leraar Jean-Baptiste Landé. Het doel van de oprichting van de school was jonge dansers op te leiden om het eerste Russische balletgezelschap te vormen. De eerste groep studenten bestond uit twaalf jongens en twaalf meisjes, die later de voorlopers zouden vormen van het huidige Mariinsky Ballet.

Er is zeer weinig informatie beschikbaar over de beginjaren van het balletgezelschap, maar het is bekend dat zowel de school als het balletgezelschap verbonden waren door hun naam, de Keizerlijke Balletschool en het Keizerlijke Russische Ballet, namen die gebruikt bleven worden tot de afschaffing van de Keizerlijke heerschappij. Aan het eind van de 18e en het begin van de 19e eeuw nam het Keizerlijk Russisch Ballet al snel een prominente plaats in en zou enkele van de meest invloedrijke en beroemdste namen uit de balletgeschiedenis in dienst nemen, waaronder Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito, en Carlotta Grisi.

Als het Keizerlijk Russisch Ballet is het gezelschap het beroemdst vanwege de première van talrijke balletten van de beroemde choreograaf Marius Petipa. Hij creëerde veel van zijn beroemdste werken in zijn tijd als balletmeester en directeur van het gezelschap in het midden en het einde van de jaren 1800. Een aantal van zijn balletten vormen nu de basis van het traditionele klassieke balletrepertoire, uitgevoerd door balletgezelschappen over de hele wereld, en vaak met behoud van veel van Petipa’s choreografie. Deze balletten omvatten de originele producties van De Notenkraker, De Schone Slaapster, Don Quichot, La Bayadère, en Raymonda; en populaire heropvoeringen van oudere balletten, waaronder Coppélia, Giselle, en Le Corsaire. Petipa’s herneming van het ballet Het Zwanenmeer is misschien wel zijn beroemdste werk voor het gezelschap. Het Zwanenmeer, oorspronkelijk gechoreografeerd door Julius Reisinger voor het Bolsjoi Theater in 1877, was aanvankelijk een kritische en commerciële mislukking. Petipa probeerde het ballet nieuw leven in te blazen met de zegen van Pjotr Iljitsj Tsjaikovski, maar de componist stierf voordat het nieuwe ballet was gecreëerd. Petipa werkte daarom samen met zijn broer Modest Tsjaikovski, die het verhaal grondig herzag en het libretto herschreef tot de versie die nu gebruikelijk is. De productie werd gechoreografeerd door Petipa en zijn medewerker Lev Ivanov. De Petipa/Ivanov/Tchaikovsky productie van Het Zwanenmeer, die in 1895 in het Mariinsky Theater in première ging, was een groot succes en wordt nu beschouwd als het beroemdste ballet aller tijden. Bijna alle latere producties van Het Zwanenmeer zijn gebaseerd op deze productie uit 1895.

Na de Russische Revolutie besloot de Sovjetregering dat de balletschool en het gezelschap ongewenste symbolen van het tsaristische regime waren en sloot ze beide. Het balletgezelschap werd als eerste heropgericht en kreeg de naam Sovjetballet, terwijl de school later werd heropend als de Choreografische Staatsschool van Leningrad. Beide balletten bleven op hun vroegere locaties.

Na de moord op de prominente Sovjetfiguur Sergej Kirov in 1934 werd het Sovjetballet omgedoopt tot het Kirov-ballet, een naam die soms nog ten onrechte wordt gebruikt. Na het einde van de communistische heerschappij werden het balletgezelschap en de opera omgedoopt tot het Mariinsky Ballet en de Mariinsky Opera. Beide gezelschappen worden nu door het theater zelf geleid.

Ondanks al deze veranderingen is het huidige Mariinsky Ballet nog steeds verbonden met de school, die nu de Vaganova Ballet Academy is.