John Cotton, (geb. 4 dec. 1585, Derby, Derbyshire, Eng.-ged. 23 dec. 1652, Boston, Mass. ), invloedrijke puriteinse leider in New England die voornamelijk diende als “leraar” van de First Church of Boston (1633-52) nadat hij ontsnapte aan de vervolging van non-conformisten door de Church of England.
Geschoold aan het Trinity College in Cambridge, werd Cotton in 1612 pastoor van de parochiekerk van St. Botolph’s in Boston, Lincolnshire, en bleef die post 21 jaar lang bekleden. Gedurende deze tijd werd hij geleidelijk meer puriteins in zijn opvattingen en hij hield op bepaalde Anglicaanse religieuze rituelen in acht te nemen bij de uitoefening van zijn ambt. In 1632 werd er een proces tegen hem aangespannen wegens zijn non-conformisme, en in juli 1633 emigreerde hij naar de Massachusetts Bay Colony, waar hij “leraar” werd van de First Church van Boston, en dat bleef tot zijn dood. Zijn populariteit in de kolonie was grenzeloos, en zijn invloed in zowel burgerlijke als kerkelijke zaken was waarschijnlijk groter dan die van enige andere predikant in het theocratische New England.
Cotton schreef verschillende werken die een onschatbare uiteenzetting vormen van het New England Congregationalisme, waaronder The Way of the Churches of Christ in New England (1645) en The Way of Congregational Churches Cleared (1648). De catechismus die hij schreef, Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646), werd in New England vele jaren op grote schaal gebruikt voor het godsdienstonderwijs aan kinderen.