Typen immunofluorescentie
Er zijn twee klassen immunofluorescentietechnieken, de primaire (of directe) en de secundaire (of indirecte).
Primaire (directe)
Primaire, of directe, immunofluorescentie maakt gebruik van een enkel antilichaam dat chemisch aan een fluorofoor is gekoppeld. Het antilichaam herkent het doelmolecuul en bindt zich eraan, en de fluorofoor die het bij zich draagt, kan via microscopie worden gedetecteerd. Deze techniek heeft verschillende voordelen boven het secundaire (of indirecte) protocol hieronder vanwege de directe conjugatie van het antilichaam aan de fluorofoor. Dit vermindert het aantal stappen in de kleuring waardoor het proces sneller verloopt en kan het achtergrondsignaal verminderen door sommige problemen met kruisreactiviteit of niet-specificiteit van het antilichaam te vermijden. Aangezien echter het aantal fluorescerende moleculen dat aan het primaire antilichaam kan worden gebonden beperkt is, is directe immunofluorescentie minder gevoelig dan indirecte immunofluorescentie.
Secondaire (indirecte)
Secondaire, of indirecte, immunofluorescentie maakt gebruik van twee antilichamen; het ongelabelde eerste (primaire) antilichaam bindt specifiek het doelmolecuul, en het secundaire antilichaam, dat de fluorofoor draagt, herkent het primaire antilichaam en bindt zich eraan. Meerdere secundaire antilichamen kunnen aan één enkel primair antilichaam binden. Dit zorgt voor signaalversterking door het aantal fluorofoormoleculen per antigeen te verhogen. Dit protocol is complexer en tijdrovender dan het primaire (of directe) protocol hierboven, maar het biedt meer flexibiliteit omdat een verscheidenheid van verschillende secundaire antilichamen en detectietechnieken kan worden gebruikt voor een bepaald primair antilichaam.