Over het HMS LINCS Center
Het Harvard Medical School (HMS) LINCS Center wordt gefinancierd door NIH grant U54 HL127365 en maakt deel uit van het NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) Program. De algemene doelstellingen van dit programma zijn het verzamelen en verspreiden van gegevens en analytische instrumenten die nodig zijn om te begrijpen hoe menselijke cellen reageren op verstoringen door geneesmiddelen, het milieu en mutatie. Meer informatie over LINCS en andere deelnemende centra is beschikbaar op de website van het programma.
Het HMS LINCS Center heeft tot doel fundamentele principes te ontdekken van cellulaire respons op verstoring, waaronder de relatie tussen dosis en respons, de oorsprong en betekenis van cel-tot-cel variatie, en de moleculaire basis van medicijngevoeligheid en -resistentie. De gegevens die bij HMS worden gegenereerd omvatten multiplex biochemische, proteomische en imaging assays waarvoor de verspreidingsnormen slecht ontwikkeld zijn; het verbeteren hiervan en het vrijgeven van alle gegevens, algoritmen en conclusies uit onze notebooks en papers is een belangrijk doel van het centrum. Het centrum ontwikkelt ook nieuwe algoritmen voor grootschalige analyse van complexe perturbagen-respons datasets, die beschikbaar zijn via aangepaste project overzichtspagina’s. Wij publiceren doorgaans ten minste één biologische analyse van elke dataset, maar deze papers beschrijven slechts één van de vele toepassingen van de gegevens. We moedigen gebruikers aan om de primaire gegevens te onderzoeken op basis van hun eigen ideeën en algoritmen.
Assays
We richten ons op biochemische en celgebaseerde assays op (i) kleine molecuul kinaseremmers, een leidende klasse van therapeutische middelen voor de behandeling van kanker, auto-immuunziekten en andere ziekten; (ii) epigenoom modifiers zoals bromodomain en HDAC-remmers; en (iii) natuurlijk voorkomende liganden zoals groeifactoren en ontstekingscytokinen. In totaal profileren we de reacties van ~100 cellijnen en primaire celtypen op ~400 perturbagens over dosis en tijd.
Toegang tot gegevens, algoritmen en tools
HMS LINCS biedt tijdige publieke toegang tot alle relevante gegevens en software in overeenstemming met het data release beleid van het NIH LINCS programma. Eenvoudige download en programmatische toegang worden beide ondersteund.
Verkenning van gegevens en use cases: Samenvattings- en verkenningspagina’s voor HMS LINCS-publicaties bieden beschrijvingen van de belangrijkste bevindingen, links naar relevante datasets in de HMS LINCS Database, en aangepaste datavisualisatietools. Deze en andere tools zijn beschikbaar via onze software pagina.
Toegang tot gegevens: Alle publiekelijk uitgebrachte HMS LINCS datasets en reagens metadata zijn toegankelijk via de HMS LINCS Database, waar zoekfuncties het mogelijk maken om te zoeken naar specifieke datasets en reagentia (bijv. per celtype of perturbagen). Deze zoek en download functies worden actief verbeterd, en we moedigen gebruikers aan om feedback te sturen naar lincs-feedback hms.harvard.edu.