IPEX-syndroom ontwikkelt zich meestal tijdens de eerste dagen of weken van het leven en treft uitsluitend jongens. Het komt klassiek tot uiting in de opeenvolging van de triade van enteropathie, auto-immuunziekte (in het bijzonder diabetes mellitus type I) en huidaandoeningen, maar de klinische kenmerken en de ernst van de ziekte kunnen van individu tot individu aanzienlijk verschillen. Ernstige auto-immuun enteropathie manifesteert zich met hardnekkige afscheidingsdiarree die leidt tot malabsorptie, elektrolytstoornissen en het niet goed gedijen. Braken, ileus, gastritis of colitis kunnen ook worden waargenomen. Patiënten vertonen ook auto-immuun endocrinopathieën, meestal insuline-afhankelijke diabetes mellitus (type 1 DM), vaak in de zuigelingen- of vroege kinderjaren, maar ook thyreoïditis die leidt tot hypothyreoïdie of hyperthyreoïdie. De huid wordt aangetast door een gegeneraliseerde pruriginous eruptie die lijkt op eczeem, psoriasis, en/of atopische of exfoliatieve dermatitis. Minder frequent kunnen alopecia of onodyychstrofie worden waargenomen. Patiënten kunnen auto-immuun cytopenie, trombocytopenie, hemolytische anemie en neutropenie ontwikkelen. Auto-immuunbetrokkenheid kan ook leiden tot pneumonitis, hepatitis, nefritis, myositis, splenomegalie en/of lymfadenopathie. Lokale of systemische infecties (bv. pneumonie, Staphylococcus aureus infecties, candidiasis) kunnen voorkomen, maar lijken eerder te wijten te zijn aan het verlies van huid- en darmbarrières, immunosuppressieve therapieën en slechte voeding dan aan een primaire immunodeficiëntie. Neurologische bevindingen waaronder perifere neuropathie, myopathie en hypotonie zijn beschreven,