In 1289 mishandelde de Javaanse koning Kertanagara de gezant van Kublai Khan, die gezonden was om de onderwerping van de koning te eisen. De Mongoolse keizer organiseerde een strafexpeditie in 1292, maar Kertanagara werd gedood door een Kadiri rebel, Jayakatwang, voordat de invallers aan land gingen. Jayakatwang werd op zijn beurt snel omvergeworpen door Kertanagara’s schoonzoon, later bekend als Kertarajasa, die de Mongolen in zijn eigen voordeel gebruikte en hen vervolgens in verwarring dwong zich terug te trekken. De hoofdstad van het koninkrijk werd verplaatst naar Majapahit. De nieuwe heerser en zijn zoon, die zich als opvolgers van Kertanagara beschouwden, moesten enige jaren opstanden op Java onderdrukken; pas in 1319 kreeg Majapahit met behulp van de vermaarde soldaat Gajah Mada zijn gezag op Java stevig gevestigd. Gajah Mada was de hoogste staatsfunctionaris tijdens het bewind van Kertanagara’s dochter Tribhuvana (ca. 1328-50), en in deze jaren werd de Javaanse invloed hersteld op Bali, Sumatra en Borneo. Kertanagara’s achterkleinzoon, Hayam Wuruk, werd koning in 1350 onder de naam Rajasanagara.

Hayam Wuruks bewind (1350-89) wordt in de archipel herinnerd als de meest glorieuze periode in de Javaanse geschiedenis. Prapancha’s gedicht de Nagarakertagama biedt een zeldzame blik op het koninkrijk vanuit een 14e-eeuws gezichtspunt. Het gedicht, dat oorspronkelijk de Desa warnana (“De beschrijving van het land”) heette, beschrijft zichzelf als een “literaire tempel” en tracht te laten zien hoe koninklijke goddelijkheid de wereld doordringt, haar reinigt van onzuiverheden en iedereen in staat stelt zijn verplichtingen aan de goden en dus aan het heilige land – het nu ongedeelde koninkrijk Java – te vervullen. Het gedicht lijkt meer op een vereringsdaad dan op een kroniek. De dichter verbergt zijn bedoeling om de koning te vereren niet, en, in de traditie van de Javaanse poëzie, is hij er wellicht aan begonnen onder de stimulans van vrome meditatie, bedoeld om hem in contact te brengen met de goddelijkheid die in de koning was belichaamd.

De kerngebieden van Hayam Wuruk’s polity waren waarschijnlijk aanzienlijk uitgestrekter dan die van zijn voorgangers. Belangrijke territoriale heersers, door huwelijk verbonden met de koninklijke familie, werden onder toezicht gesteld door hun inlijving in de hofadministratie. Hoewel een netwerk van koninklijke religieuze stichtingen in de hoofdstad was geconcentreerd, blijft het onduidelijk of een meer gecentraliseerde en duurzame bestuursstructuur werd ingevoerd dan wel of de eenheid van het rijk en het gezag van de heerser nog steeds afhankelijk waren van het persoonlijke prestige van de heerser. Prapancha schreef Hayam Wuruk in ieder geval geen onrealistische mate van gezag toe, ook al is zijn gedicht een onverhulde weergave van de attributen van koninklijke goddelijkheid en de effecten van goddelijke heerschappij op Java. Op hun reizen door het koninkrijk deden ondergeschikte ambtenaren hun koninklijk gezag gelden in zaken als belastingen en de controle van religieuze stichtingen. Een teken van het prestige van de koning was zijn besluit om een landmeting uit te voeren om er zeker van te zijn dat de privileges van zijn onderdanen gehandhaafd bleven. Bij gebrek aan een uitgewerkt bestuurlijk systeem werd het gezag van de regering versterkt door de alomtegenwoordigheid van haar vertegenwoordigers, en niemand gaf een krachtiger voorbeeld dan de koning zelf. Volgens Prapancha “was de prins niet lang in de koninklijke residentie,” en een groot deel van het gedicht is een verslag van de koninklijke vorderingen. Op deze manier kon Hayam Wuruk zijn invloed doen gelden in onrustige gebieden, eerbetoon afdwingen bij territoriale heren, dorpsoudsten geruststellen door zijn bezoeken, landrechten verifiëren, eerbetoon innen, heilige mannen op het platteland bezoeken voor zijn eigen spirituele verlichting, en verering brengen op Mahayana, Shaivite, en oude Javaanse heilige plaatsen. Zijn onvermoeibare reizen, althans in de eerste jaren van zijn bewind, betekenden dat veel van zijn onderdanen de gelegenheid hadden om in de aanwezigheid te komen van iemand die zij beschouwden als de vergaarbak van goddelijkheid.

Een van de interessantste gedeelten van de Nagarakertagama betreft de jaarlijkse Nieuwjaarsceremonie, waarbij de zuiverende krachten van de koning werden versterkt door het toedienen van wijwater. De ceremonie, bijgewoond door geleerde Indische bezoekers, stelde de dichter in staat te beweren dat de enige beroemde landen Java en India waren, omdat beide veel religieuze deskundigen bevatten. Op geen enkel moment van het jaar werd de religieuze rol van de koning nadrukkelijker erkend dan op Nieuwjaar, toen de notabelen van het koninkrijk, de gezanten van de vazallen en de dorpshoofden naar Majapahit gingen om hulde te brengen en herinnerd te worden aan hun plichten. De ceremonie eindigde met toespraken tot de bezoekers over de noodzaak om de vrede te bewaren en de rijstvelden te onderhouden. De koning legde uit dat alleen wanneer de hoofdstad werd gesteund door het platteland, zij veilig was voor aanvallen van “vreemde eilanden.”

Omdat in het gedicht de koning wordt vereerd, is het niet verwonderlijk dat meer dan 80 plaatsen in de archipel worden beschreven als vazalgebieden en dat van de koninkrijken op het vasteland, met uitzondering van Vietnam, wordt gezegd dat zij door de koning worden beschermd. Prapancha, die geloofde dat de heerlijkheid van de koning zich in alle richtingen uitstrekte, omlijnde in detail wat hij beschouwde als de grenzen van de relevante ruimte. Niet minder dan 25 plaatsen op Sumatra worden vermeld, en de Molukken, waarvan de specerijen en andere producten een bron van koninklijke rijkdom waren, zijn goed vertegenwoordigd. Daarentegen worden Noord Celebes (Sulawesi) en de Filippijnen niet genoemd.

Tijdens het leven van Hayam Wuruk was het Javaanse overzeese prestige ongetwijfeld aanzienlijk, hoewel de koning niet meer eiste dan eerbetoon en tribuut van zijn belangrijkere vazallen, zoals de heerser van Malayu op Sumatra. Toen in 1377 een nieuwe heerser van Malayu het waagde om de stichter van de Ming-dynastie in China om investituur te vragen, overtuigden de gezanten van Hayam Wuruk in Nanking de keizer ervan dat Malayu geen onafhankelijk land was. De Javaanse invloed in de archipel was echter afhankelijk van het gezag van de heerser op Java zelf. Toen Hayam Wuruk in 1389 stierf, zag de heerser van Palembang in het zuidoosten van Sumatra kans om zijn vazalstatus af te zweren. Hij had kennis genomen van het herstel door de Ming-dynastie van het al lang afgeschafte tributaire handelsstelsel en van het verbod op Chinese reizen naar Zuidoost-Azië, en veronderstelde dat buitenlandse handelaren in West-Indonesië opnieuw behoefte zouden hebben aan het soort entrepôt-faciliteiten dat Srivijaya-Palembang eeuwen eerder had verschaft. Misschien heeft hij zich zelfs aangekondigd als een bodhisattva en erfgenaam van de maharadja’s van Srivijaya. De Javanen verdreven hem uit Palembang, en hij vluchtte naar Singapore en vervolgens naar Malakka op het Maleisisch schiereiland.