Unicellulaire flagellate of amoeboïde organismen. De meeste soorten zijn fagotroof (of osmotroof), maar een deel van de Euglenophyceae (b.v. Euglena) is fotosynthetisch met gebruikmaking van groene chloroplasten via secundaire symbiose met een groene plant. Bij sommige soorten is het mitochondrium gereduceerd, zodat zij in anaërobe omgevingen leven, zoals sedimenten en darmen van dieren. Sommige excavaten zoals Trypanosoma (Euglenozoa), Giardia (Trepomonadea) en Trichomonas (Parabasalia) infecteren en beschadigen de mens.

Excavaten bezitten in principe twee of vier flagellen die subapicaal zijn ingebracht en een ventrale groef die wordt ondersteund door complexe microtubulaire wortels. De ventrale groef werkt als een cytostome. Sommige excavaten zoals Euglenozoa, Parabasalia en oxymonaden zijn echter getransformeerd van deze basisvorm (b.v. verlies van de groef). De meeste soorten van de Percolozoa bezitten de vegetatieve amoeboïde cellen. Mitochondriale cristae, indien aanwezig, zijn gewoonlijk schijfvormig, maar sommige soorten bezitten platte of buisvormige cristae. Bij de Trichozoa en Anaeromonaden transformeren de mitochondriën tot mitosomen of hydrogenosomen en verliezen het mitochondriaal genoom, de cristae en het vermogen tot aërobe ademhaling.@Aseksuele voortplanting door middel van binaire deling. Acrasis (Percolozoa) vormt een vruchtlichaam en sporen (zo werd het organisme vroeger ingedeeld bij de cellulaire slijmzwammen). Er zijn weinig rapporten over de sexuele voortplanting van graafdieren, maar unieke sexuele voortplantingen worden gemeld bij de oxymonaden.

De Excabata wordt voorgesteld op basis van hun ultrastrucurele kenmerken. Hoewel de monofylie van sommige clades (b.v. Trichozoa, Discicristata + Loukozoa, Anaeromonada) wordt ondersteund door moleculaire fylogenetische studies, is de monofylie van hele excavaten onbeslist.