De verdenking viel onder theoretici in eerste instantie op ene Edwin Decker, die twee nachten voordat haar lichaam werd gevonden een kortstondige romantische ontmoeting met Michelle had. De verdenking werd op Decker gevestigd nadat hij na haar dood een mysterieus, morbide gedicht over Michelle had geschreven.

Een andere mogelijke verdachte kwam aan het licht toen een medewerker van een kantoorboekhandel waar Michelle eerder had gewerkt, kort na afloop van het onderzoek zag dat een man verschillende kopieën van het originele autopsierapport maakte. Deze medewerker beweerde dat de man een motorfiets had. Deze laatste theorie sluit aan bij de stalker waar Michelle ooit over klaagde, die ook een motorfiets bezat.

Het feit dat haar kleren nooit zijn gevonden en dat haar tas, met geld en andere spullen intact, op een voor de hand liggende plaats niet ver weg is gevonden, draagt bij aan de speculaties over een mogelijk moordscenario.

Op aandringen van Edwin Decker en journalist Neal Matthews werd Michelle’s autopsierapport in 2008 opnieuw bekeken door de nieuwe hoofdkeuringsarts Glen Wagner, die volgens een artikel van Decker concludeerde dat er wat twijfelachtig bewijs leek te zijn, maar niet genoeg om een wijziging van haar overlijdensakte te rechtvaardigen.

Michelle’s zaak werd geprofileerd op Buzzfeed Unsolved, een mysterieserie op YouTube waarin de details van haar zaak worden besproken. Gastheren Ryan Bergara en Shane Madej merkten verdachte details op in Michelle’s autopsie, en ontwikkelden drie primaire theorieën voor Michelle’s dood: 1. Dat Michelle inderdaad door een haai is aangevallen, 2. dat Michelle is gesprongen en later door haaien is gevoed, of 3. dat Michelle is vermoord, misschien door een afgewezen liefdesrelatie of door een niet nader genoemde stalker.

Hoewel de heersende opinie is dat von Emster het slachtoffer was van een haaienaanval, hadden de autoriteiten ter plaatse nog nooit een sterfgeval door een haaienaanval onderzocht, en waren zij dus wellicht niet bevoegd om over de doodsoorzaak te oordelen. Toen deskundigen later het lichaam te zien kregen, beweerden sommigen bovendien dat de verwondingen niet overeenkwamen met de afmetingen van een grote witte haai. Officieel is de zaak gesloten, maar de dood van Michelle von Emster blijft een mysterie voor hen die het niet eens zijn met de officiële doodsoorzaak: een aanval door een grote witte haai.

Huidig erkent het Global Shark Attack File het incident van von Emster niet als een dodelijke haaienaanval.