Tijdens de laatste helft van de 16e eeuw werden een aantal daimyōs sterk genoeg om het Ashikaga-sjogunaat in hun eigen voordeel te manipuleren of om het geheel omver te werpen. Een poging om de bakufu (de Japanse term voor het shogunaat) omver te werpen werd in 1560 ondernomen door Imagawa Yoshimoto, wiens opmars naar de hoofdstad in de Slag bij Okehazama door toedoen van Oda Nobunaga tot een schandelijk einde werd gebracht. In 1562 werd de Tokugawa clan, die aan het oosten van Nobunaga’s grondgebied grensde, onafhankelijk van de Imagawa clan, en sloot zich aan bij Nobunaga. Het oostelijke deel van het grondgebied van Nobunaga werd niet binnengevallen door deze alliantie. Nobunaga verplaatste vervolgens zijn leger naar het westen. In 1565 probeerde een alliantie van de Matsunaga en Miyoshi clans een staatsgreep te plegen door Ashikaga Yoshiteru, de 13e Ashikaga shōgun, te vermoorden. Intern gekibbel verhinderde hen echter snel te handelen om hun aanspraak op de macht te legitimeren, en het duurde tot 1568 voordat zij erin slaagden Yoshiteru’s neef, Ashikaga Yoshihide, als de volgende shōgun te installeren. Door het falen om Kyoto binnen te komen en erkenning te krijgen van het keizerlijk hof, was de opvolging in twijfel getrokken, en een groep bakufu aanhangers onder leiding van Hosokawa Fujitaka onderhandelden met Nobunaga om steun te krijgen voor Yoshiteru’s jongere broer, Yoshiaki.
Nobunaga, die zich gedurende een periode van jaren op een dergelijke gelegenheid had voorbereid door een alliantie te sluiten met de Azai clan in de noordelijke provincie Ōmi en vervolgens de naburige provincie Mino te veroveren, marcheerde nu naar Kyoto. Nadat hij de Rokkaku clan in het zuiden van Ōmi had verslagen, dwong Nobunaga de Matsunaga tot capitulatie en de Miyoshi tot terugtrekking naar Settsu. Vervolgens trok hij de hoofdstad binnen, waar hij met succes erkenning van de keizer verkreeg voor Yoshiaki, die de 15e en laatste Ashikaga shōgun werd.
Nobunaga was echter niet van plan de Muromachi bakufu te dienen, en richtte in plaats daarvan nu zijn aandacht op het verstevigen van zijn greep op de Kinai regio. Verzet in de vorm van rivaliserende daimyōs, onbuigzame boeddhistische monniken, en vijandige kooplieden werd snel en genadeloos geëlimineerd, en Nobunaga kreeg snel een reputatie als een meedogenloze, onverbiddelijke tegenstander. Ter ondersteuning van zijn politieke en militaire stappen, stelde hij economische hervormingen in, waarbij belemmeringen voor de handel werden weggenomen door het ongeldig maken van traditionele monopolies in handen van heiligdommen en gilden en het bevorderen van initiatief door het instellen van vrije markten bekend als rakuichi-rakuza.
De nieuw geïnstalleerde shōgun Ashikaga Yoshiaki was ook zeer op zijn hoede voor zijn machtige nominale bewaarder Nobunaga, en begon onmiddellijk een complot tegen hem te smeden door het vormen van een brede alliantie van bijna elke daimyō grenzend aan het rijk van Oda. Hiertoe behoorden Oda’s naaste bondgenoot en zwager Azai Nagamasa, de oppermachtige Takeda Shingen, alsmede de monnik-strijders van het Tendai Boeddhistische kloostercentrum op de berg Hiei bij Kyoto (die het eerste grote slachtoffer van deze oorlog werd toen het door Nobunaga volledig werd verwoest).
Toen het Oda leger vastliep door gevechten op elke hoek, leidde Takeda Shingen wat tegen die tijd algemeen werd beschouwd als het machtigste leger in Japan en marcheerde naar de Oda thuisbasis van Owari, gemakkelijk Nobunaga’s jonge bondgenoot en toekomstige shōgun Tokugawa Ieyasu verpletterend in de Slag van Mikatagahara langs de weg.
Toen het Takeda leger op het punt stond de Oda-Tokugawa alliantie te vernietigen, stierf Takeda Shingen plotseling, onder mysterieuze omstandigheden. (Meerdere suggesties voor zijn overlijden zijn: dood op het slagveld door scherpschutter, ninja-moord, en maagkanker). Na plotseling hun leider te hebben verloren, trok het Takeda leger zich snel terug naar hun thuisbasis in de provincie Kai en Nobunaga werd gered van de rand van de ondergang.
Met de dood van Takeda Shingen in het begin van 1573, brokkelde de “Anti-Oda Alliantie” die Ashikaga Yoshiaki had gecreëerd snel af toen Nobunaga in snelle opeenvolging de alliantie van Asakura clan en Azai clan vernietigde die zijn noordelijke flank bedreigden, en kort daarna de shōgun zelf uit Kyoto verdreef.
Zelfs na de dood van Shingen bleven er verscheidene daimyōs over die machtig genoeg waren om Nobunaga te weerstaan, maar geen van hen bevond zich dicht genoeg bij Kyoto om een politieke bedreiging te vormen, en het leek erop dat eenwording onder de vlag van de Oda een kwestie van tijd was.
Nobunaga’s vijanden waren niet alleen andere daimyōs, maar ook aanhangers van een Jōdo Shinshū sekte van het boeddhisme die Ikkō-ikki bijwoonden, geleid door Kennyo. Hij hield stand hoewel Nobunaga zijn fort tien jaar lang bleef aanvallen. Nobunaga verdreef Kennyo in het elfde jaar, maar door een oproer veroorzaakt door Kennyo, liep Nobunaga’s grondgebied het grootste deel van de schade op. Deze lange oorlog werd de Ishiyama Hongan-ji Oorlog genoemd.
Nobunaga was zeer geïnteresseerd in vreemde culturen, vooral die van West-Europa. Een aanzienlijke hoeveelheid van de westerse christelijke cultuur werd geïntroduceerd in Japan door missionarissen uit Europa. Hierdoor kreeg Japan nieuwe voedingsmiddelen, een nieuwe tekenmethode, astronomie, geografie, medische wetenschap en nieuwe druktechnieken. Het meest kritisch is dat de handel met Europa Nobunaga’s legers van nieuwe wapens voorzag, waaronder het lucifersgeweer of arquebus.
Nobunaga besloot de macht van de boeddhistische kloosters te verminderen, en gaf bescherming aan het christendom, hoewel hij zich zelf nooit tot het christendom bekeerde. Hij slachtte vele boeddhistische priesters af die zich tegen hem verzetten, en verbrandde hun versterkte tempels.
De activiteiten van Europese handelaren en katholieke missionarissen (Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino en vele missionarissen) in Japan, niet minder dan Japanse ondernemingen overzee, gaven de periode een kosmopolitisch tintje.
Tijdens de periode van 1576 tot 1579 bouwde Nobunaga aan de oever van het Biwa-meer in Azuchi, het Azuchi-kasteel, een prachtig kasteel van zeven verdiepingen dat niet alleen moest dienen als een onneembare militaire versterking, maar ook als een weelderige residentie die zou staan als een symbool van de eenwording.
Na zijn greep op de Kinai-regio te hebben verzekerd, was Nobunaga nu machtig genoeg om zijn generaals te belasten met de onderwerping van de afgelegen provincies. Shibata Katsuie kreeg de taak om de Uesugi clan in Etchū te veroveren, Takigawa Kazumasu confronteerde de Shinano provincie die een zoon van Shingen Takeda Katsuyori regeert, en Hashiba Hideyoshi kreeg de formidabele taak om de Mōri clan in de Chūgoku regio van westelijk Honshū het hoofd te bieden.
In 1575 behaalde Nobunaga een belangrijke overwinning op de Takeda clan in de Slag bij Nagashino. Ondanks de sterke reputatie van Takeda’s samurai cavalerie, omarmde Oda Nobunaga de relatief nieuwe technologie van de arquebus, en bracht een verpletterende nederlaag toe. De erfenis van deze slag dwong tot een volledige herziening van de traditionele Japanse oorlogsvoering.
In 1582, na een langdurige campagne, verzocht Hideyoshi Nobunaga’s hulp bij het overwinnen van hardnekkige tegenstand. Nobunaga, die een tussenstop maakte in Kyoto op zijn weg naar het westen met slechts een klein contingent bewakers, werd aangevallen door een van zijn eigen ontevreden generaals, Akechi Mitsuhide, en pleegde zelfmoord.