De naam “Óbidos” is een gelatiniseerde (oppidum, citadel) afleiding van het oudere Keltische “Eburobricio”. De gemeente is ontstaan uit een Romeinse nederzetting bij de uitlopers van een hooggelegen steile helling. De streek van Óbidos, die zich uitstrekt van de Atlantische Oceaan tot het binnenland van de provincie Estremadura langs de rivieren en meren, is bewoond sinds het late Paleolithicum. Er werd een nederzetting gebouwd door vroege Keltische stammen, die later een handelscentrum was voor de Feniciërs. Archeologische vondsten aan de voet van de middeleeuwse toren (ten zuiden van Facho) van het kasteel van Óbidos wijzen op Romeinse bouwwerken die verband houden met een buitenpost van de Romeinse civitas Eburobrittium, een groot stedelijk gebied waar opgravingen hebben plaatsgevonden. Archeologisch onderzoek heeft de resten van een forum, baden en andere Romeinse structuren in de buurt van de nederzetting aan het licht gebracht.
Na de val van Rome kwam de regio onder de invloed van de Visigoten, hoewel specifieke gegevens ontbreken. De Romeinse stad Eburobrittium werd in de 5e eeuw verlaten voor de veiliger heuveltop waar zich nu de belangrijkste nederzetting bevindt. Ergens na 713 vestigden de Moren een fortificatie op deze berg, terwijl een christelijke gemeenschap van Mozarabs in de buurt van Moncharro woonde.
Het gebied werd in 1148 door de eerste koning van Portugal, Afonso Henriques, op de Moren veroverd. Volgens de overlevering was een ridder, Gonçalo Mendes da Maia, verantwoordelijk voor de succesvolle bestorming van het Moorse kasteel. De herovering van Óbidos was een laatste fase in de verovering van de provincie Estremadura, na de nederzettingen van Santarém, Lissabon en Torres Vedras. Na de verovering van de regio kreeg de nederzetting haar eerste foral (charter) in 1195, tijdens het bewind van Koning Sancho I. In 1210 schonk Koning Afonso II de titel van dit dorp aan Koningin Urraca. Sindsdien is Óbidos vaak begunstigd door de koninginnen van Portugal, waardoor het de informele titel Vila das Rainhas (Engels: stad van de koninginnen) heeft gekregen; verschillende koninklijke gemalinnen hebben het dorp vanaf de Middeleeuwen tot in de 16e eeuw verrijkt met schenkingen.
Het kasteel en de muren van Óbidos werden verbouwd tijdens het bewind van koning Dinis I. De kalkstenen en marmeren structuur werd versterkt en verder uitgewerkt, terwijl de donjon in de 14e eeuw werd gebouwd, door koning Fernando. Ten tijde van de eerste verbouwing was de nederzetting ook buiten de poorten van het kasteel gegroeid.
De kerk van Santa Maria in Óbidos was het decor voor het huwelijk van koning Afonso V met zijn nicht, prinses Isabella van Coimbra, op 15 augustus 1441, toen zij beiden nog kinderen van respectievelijk 9 en 10 jaar waren. De administratieve hervormingen die koning Manuel I in 1513 in Óbidos doorvoerde, behelsden onder meer de instelling van een formeel charter en een ingrijpende herindeling van het stedelijk gebied.
De aardbeving van 1755 veroorzaakte schade aan de dorpsmuren, enkele kerken en vele gebouwen, en resulteerde in het verlies van architectuur van Arabische of Middeleeuwse inspiratie. Ook de Peninsulaire Oorlogen werden in de omgeving van Óbidos uitgevochten, waaronder de Slag bij Roliça. Meer recentelijk was het dorp een bestuurscentrum en ontmoetingsplaats voor de betrokkenen bij de Anjerrevolutie van 1974, waardoor het in verband werd gebracht met de opstand van de strijdkrachten.