本種が赤道付近で生存できるのは、南米西海岸の生物地理学的な特徴によるものである。 南極から冷たく生産的な水がフンボルト海流(同じ探検家にちなんで名付けられた)を通ってやってきて、この種の分布全体に沿って流れている。 フンボルトペンギンは他の温帯ペンギンと近縁で、南極ペンギンとはより遠縁である。
フンボルトペンギンは一年中繁殖し、12ヶ月の間に複数のヒナまたはヒナのクラッチを育てることもある。 また、その範囲内の海岸線を覆うグアノ(海鳥の糞)の厚い層から掘り出した巣穴に卵を産む。 片方の親が餌を与えている間、もう片方の親が巣を守る。 抱卵は1ヶ月以上かかる。 フンボルトペンギンは強いペアの絆で結ばれており、生涯同じ相手と一緒に過ごす。 小魚を主食とする採食性の動物である。 サメやオットセイ、アシカといった大型の海洋捕食者の餌食となるため、比較的巣の近くで採餌を行う。 すべてのペンギンと同様に、フンボルトペンギンは卵とヒナの両方に重要な育児を行う。
科学者はフンボルトペンギンが絶滅しやすいとみなしている。 自然の気候変動、地球の気候系に対する人為的な変化、そして彼らが好む餌種(例えば、ペルーのアンチョビ)の乱獲が、すべてこの所見の原因となっています。 エルニーニョと呼ばれる周期的で大規模な気候現象は、フンボルトペンギンが利用できる餌の量を著しく減少させる。 ひどい場合には、成鳥が餓死してしまうこともある。 エルニーニョは自然現象ですが、気候システム全体に作用する人間の活動が、エルニーニョ現象の深刻さや頻度を高めている可能性を示す証拠がいくつか増えてきています。 また、この種はその全域で法的保護を受けているにもかかわらず、人間の消費または魚の餌として使用するための直接捕獲と、他の種を対象とした漁具による偶発的な捕獲も、この種の脅威となっています。 さらに、肥料などに使用するためのグアノの採掘が歴史的に(そして現在も)行われており、フンボルトペンギンの巣穴を破壊し、彼らが好む繁殖場所を変えている。 9380>
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