NCBI organismal classification

OntoBee AberOWL OLS NCBI

NCBITaxon ontology は NCBI taxonomy database を obo/owl に自動翻訳しています。

翻訳では各 taxon はインスタンスが（オントロジのほとんどの枝について）個々の生物であろう obo/owl クラスとして扱われます。例：

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

OBOガイドラインに反する場合でも、ソースデータベースのすべてのコンテンツを忠実に再現しています。例えば、

同義語は、テキストの一部として引用符を含むかもしれません。

PURLはOntoBeeで解決可能でなければならない。例：

Releases

Ono/owl は Continuous IntegrationJob が手動でトリガされるとリリースが行われるようです。現在、これは OBO 管理者によって行われる必要があります。現在、決まったサイクルはなく、一般的にオンデマンドで行われます。非公式にこれを扱うチームは次の通りです:

これに関するコメントについてはメールリスト（下記参照）に連絡してみてください。

GOではグループ分けのためにNCBITaxonの拡張機能を使用しています。参照:

このオントロジーには NCBITaxon_Union 名前空間内の新しいクラスが含まれています。これらのクラスはすべて、たとえば Prokaryote = Eubacteria OR Archae

NCBITaxon オントロジの主な用途の 1 つは、複数種オントロジで分類群制約を定義することです。詳しくは、

Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
Deegan Nee Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). アノテーションとオントロジー開発における不整合を検出するためのタクソンに基づく制約の定式化。 *BMC Bioinformatics 11, 530**
OWLにおける分類子制約（ブログ記事）
Uberonにおける分類子制約
A Taxonomy for Immunologists ICBO 2013

他のOBOオントロジーと異なる点は、OBOの外部で作成したデータベースの翻訳であることです。

Bgee チームからのこの投稿が示すように、NCBI のスタッフは非常に応答が良く、親切です

翻訳への変更を提案したい場合は、メンテナか上記のメールリストに連絡してください。

引用する前に、引用したい人工物が何か自問してください:

後者は前者をかなり単純な翻訳にします。もし、何らかの形で内容を引用するのであれば、データベースを引用すべきです。現在、最も新しい文献は、

Federhen, Scott. NCBI分類法データベース(The NCBI taxonomy database). Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

特にOBO/OWL翻訳を引用したい場合は、このページのURLを使用してください

ncbitaxon.owl	Main release
ncbitaxon.OLobo	Main release の OBO Format バージョン
ncbitaxon/subsets/taxslim.OBO	Main release の OBO Format バージョン。owl	taxslim
ncbitaxon/subsets/taxslim-disjoint-over-in-taxon.owl	taxslim disjointness axioms